Gattuso inizia la sua seconda vita calcistica in Svizzera, al Sion, dove il presidente nel febbraio 2013 lo nomina giocatore-allenatore della squadra.
Resterà in carica solo un mese prima di essere affiancato da Arno Rossini, in possesso a differenza di Gattuso del patentino UEFA Pro. A maggio la coppia viene sollevata dall'incarico e Gattuso torna a fare solo il calciatore. Ma per poco.
Il 19 giugno 2013 arriva la chiamata del Palermo di Zamparini, che gli affida la panchina rosanero in Serie B. Un'avventura che dura appena sei giornate, prima dell'esonero.
Nel 2014 ad offrire una nuova occasione a Gattuso come allenatore è l'OFI Creta, ma ad ottobre rassegna le dimissioni dopo sette giornate del campionato greco. Ci ripensa fino alla rottura definitiva di dicembre.
Nell'agosto 2015 torna in Italia, stavolta in Lega Pro, alla guida del Pisa con cui ottiene la promozione in Serie B battendo il Foggia nella finale playoff. Nella stagione successiva però il Pisa torna in Serie C e Gattuso si dimette.