Nato a Bergamo il 20 maggio 1976, figlio di genitori emigrati in Lombardia dalla Sicilia, Fabio Rustico ha coltivato il sogno di diventare un giorno un calciatore professionista formandosi nel Settore giovanile dell'Atalanta.
A metà anni Novanta arriva per lui il momento di sbarcare nel calcio dei grandi. Passa prima all'Albinoleffe, senza però mai debuttare, quindi dopo un anno con zero presenze all'Atalanta va alla Solbiatese, in Serie C2, e qui inizia la sua ascesa.
Rustico colleziona 31 presenze e buone prestazioni, che convincono la Dea a puntare su di lui per il futuro. Il grande balzo per il difensore arriva nella stagione 1996/97 sotto la guida di Emiliano Mondonico.
Nell'anno che consacra Pippo Inzaghi re dei bomber in nerazzurro e in cui si consuma la tragedia di Federico Pisani, Rustico debutta il Serie A il 15 settembre 1996 all'età di 20 anni subentrando negli ultimi 7' di Fiorentina-Atalanta al posto di Andrea Sottil. Mondonico lo utilizza da terzino destro marcatore e gli assegna il compito di controllare Lulù Oliveira. La sfida del Franchi termina con il risultato di 2-2.
Seguono altre presenze da sostituto nei minuti conclusivi, finché non gioca la prima gara da titolare contro la Lazio il 26 ottobre 1996 (vittoria per 2-1 dei nerazzurri). La sua prima stagione nel massimo campionato si chiude con 24 presenze. Le buone prestazioni gli valgono la convocazione di Marco Tardelli nella Nazionale "Under 23" per disputare i Giochi del Mediterraneo dall'8 al 25 giugno 1997 in Puglia.
Rustico colleziona una sola presenza il 23 giugno in semifinale contro la Spagna (gara vinta 2-0 dagli Azzurrini), subentrando negli ultimi minuti a Stefano Fiore, ma vince la competizione assieme ai suoi compagni. Nel 1997/98 saranno 22 le presenze in Serie A e 4 in Coppa Italia, competizione nelle quali fa il suo esordio il 15 ottobre 1997 nella gara di andata degli ottavi di finale con il Bologna (vinta 3-1 dall'Atalanta).
Ma, soprattutto, può sfidare alcuni dei più forti attaccanti al Mondo, che in quegli anni militano nelle squadre italiane.
"Nella seconda annata con Mondonico - dirà - ho affrontato gente come Boksic e Ronaldo. L’attaccante della Lazio era un cavallo nel senso più completo del termine: fisicamente straripante, marcarlo era veramente molto, molto difficile. Ronaldo nel primo anno era incontenibile, aveva una velocità fuori dal comune e faceva tutto davvero con una rapidità totale".
Proprio contro Ronaldo il Fenomeno, il 14 marzo 1998, una serie di falli ai suoi danni costano a Rustico la prima espulsione in carriera per doppia ammonizione sul finire del primo tempo. L'inferiorità numerica dell'Atalanta dà il là all'ampia vittoria dell'Inter di Simoni, che si impone 4-0.
Rustico ha nella disciplina tattica e nell'esplosività fisica i suoi punti di forza e continua la sua militanza nell'Atalanta fra Serie B e Serie A per 10 anni complessivi e 9 consecutivi, collezionando in tutto 122 presenze, 124 se si conteggiano anche le 2 gare di spareggio con la Reggina disputate nella stagione 2002/03.
"Sono stato un marcatore vecchio stampo - dirà di se stesso -. Qualità tecniche non ne avevo moltissime".
Più che per le sue parole rilasciate a mezzo stampa, Fabio nel suo percorso calcistico, si fa notare per alcune scelte: porta la barba lunga, arriva al campo guidando una panda rossa e non nasconde le sue simpatie politiche di sinistra. Un giorno fa il suo ingresso in campo dal tunnel degli spogliatoi con la bandiera della pace sulle spalle.