Gli esordi, come tutte le imprese che si rispettino, sono complicati. Mondonico fa sostenere all'Atalanta una preparazione estiva molto dura (il campionato di Serie B si concluderà a giugno) e le prime uscite ufficiali, con l'eliminazione della squadra dal Girone di Coppa Italia già a inizio settembre, suscitano le aspre critiche dei tifosi.
Questi ultimi contestano apertamente la società, e nel mirino finisce anche Strömberg. L'inizio del campionato di B conferma le difficoltà dei ragazzi di Mondonico, che, ancora imballati dal lavoro estivo, rimediano due pareggi di fila contro Triestina e Taranto. Risultati che contribuiscono ad un clima generale di sfiducia verso la squadra prima del debutto europeo contro i semiprofessionisti gallesi del Merthyr Tydfil.
La gara di andata dei sedicesimi di finale di Coppa delle Coppe si gioca il 16 settembre 1987 al Penydarren Park. La competizione europea in quel momento sembra più un impiccio che altro per una squadra, quella bergamasca, che stenta a trovare la sua identità.
Mondonico schiera in attacco Garlini e Incocciati, ma i bergamaschi non sfondano. I gallesi, invece, giocano alla morte, consapevoli di poter fare la storia del loro club, e alla fine il risultato li premia: il Merthyr Tydfil si impone infatti 2-1 grazie alle autoreti di Icardi e Progna (goal che sarebbero successivamente stati assegnati a Rogers e Williams).Ma il provvisorio 1-1 dello stesso Progna, che arriva nel finale del primo tempo dopo una discesa travolgente di Strömberg, tiene aperte le speranze di qualificazione.
La figuraccia in terra gallese, che resterà il punto più alto nella storia del Merthyr, porta però sul momento ancora più sfiducia e critiche verso la squadra di Mondonico. In campionato arriva un altro pareggio contro il Bari, e alla vigilia della gara di ritorno con i gallesi al Comunale di Bergamo, la tensione è altissima, tanto che 'La Stampa' di Torino titola: "Atalanta, dietro l'angolo c'è la vergogna".
"Abbiamo svolto una preparazione utile per il campionato di Serie B, che dura fino a giugno - dichiara dal canto suo il tecnico Emiliano Mondonico -. Siamo ancora in fase di rodaggio. Dobbiamo abbandonare l’idea di essere più forti, i nostri avversari saranno dilettanti come qualifica, ma corrono e giocano con entusiasmo".
I fantasmi e le paure si sciolgono però appena le squadre mettono piede in campo. La Dea ribalta la sconfitta del match di andata imponendosi 2-0. Il vantaggio è firmato da Garlini al 16', cinque minuti dopo arriva anche il raddoppio targato Cantarutti. L'Atalanta è agli ottavi di finale.
Anche se la Serie B resta l'obiettivo primario, nell'urna l'obiettivo dell'Atalanta è 'schivare', se possibile, le favorite per il successo finale, ovvero Ajax e Olympique Marsiglia. La Dea pesca bene, visto che viene abbinata negli ottavi di finale ai greci dell'Ofi Creta, che per di più dovranno disputare in campo neutro la propria gara casalinga per squalifica del proprio stadio.
In campionato intanto l'Atalanta ancora non convince, e al 18 ottobre l'unico successo è quello casalingo con la Sambenedettese per 4-1 (una sconfitta e 4 pareggi). Mercoledì 21 ottobre 1987l'Ofi Creta ospita l'Atalanta nel campo neutro di Salonicco per la partita di andata.
"A me interessa più il torneo cadetto - afferma Mondonico alla vigilia -, sarà bello battersi al massimo ma reputo più importante la trasferta di Arezzo in campionato".
Mondonico pensa a coprirsi, e schiera Garlini unica punta, ma i greci al 17' vanno a segno con Takis Persias e alla fine riescono a imporsi di misura. Come se non bastasse, esplode il caso Incocciati, entrato soltanto nel finale al posto di Garlini.
"Non mi sarei aspettato di restare fuori proprio in Coppa dopo aver lottato con i denti per arrivare a questo traguardo - tuona l'attaccante -, mi sento incompreso, pago lo scotto della retrocessione".
Incocciati sarà ceduto in prestito all'Empoli e dalla Juventus arriva invece a Bergamo Ivano Bonetti. Mercoledì 4 novembre al Comunale va in scena il match di ritorno, e il risultato sarà lo stesso del turno precedente. L'Atalanta ribalta la sconfitta dell'andata con un secco 2-0 e si qualifica ai quarti di finale di Coppa delle Coppe.
Mondonico, privo di Progna, rilancia Prandelli nel ruolo di libero e davanti si affida al solo Garlini, supportato da Nicolini e dal giovane Consonni. Al 22' Nicolini controlla un lancio lungo di Barcella, e con un destro rasoterra dal limite dell'area infila il portiere per l'1-0 dei nerazzurri. La gara è equilibrata, i greci si rendono pericolosi con Samaras, ma al 73' arriva il goal qualificazione che fa esplodere il pubblico bergamasco: punizione laterale dalla sinistra di Nicolini, che trova in area la testa di Garlini per il 2-0 finale che spinge la Dea ai quarti.
L'Atalanta, squadra di Serie B, è incredibilmente fra le prime 8 squadre della Coppa delle Coppe 1987/88 e con il Verona in Coppa UEFA è la sola squadra italiana ancora in corsa in Europa. Data per spacciata e a lungo criticata, si trasforma così di colpo in squadra simpatia, e in tutta Italia si inizia a fare il tifo per i nerazzurri e a sognare un'impresa continentale dei bergamaschi.
