L'adattamento di Acerbi al Milan, complice uno stile di vita all'epoca di sicuro non esemplare, non è semplice. Nonostante questo, il difensore, cui Adriano Galliani assegna la maglia numero 13 che era stata di Alessandro Nesta, nel tentativo di responsabilizzarlo, sembra non preoccuparsene.
"Non avevo paura di essere al Milan non perché fossi coraggioso, ma solo perché non me ne fregava nulla- dirà Francesco -. Anche il numero 13 non l’avevo scelto io. Era stato Galliani a dirmi che l'avrei dovuto prendere. A me faceva piacere, ma non davo la giusta importanza a niente. Nemmeno ad essere al Milan, nemmeno al numero di maglia...".
Con queste premesse, la parentesi rossonera della carriera di Acerbi sarà un grande flop. A tratti sorprendente, se si considera quanto invece il difensore avrebbe fatto bene nelle successive esperienze calcistiche.
Il tecnico rossonero Massimiliano Allegri lo fa esordire da titolare il 1° settembre al Dall'Ara contro il Bologna nella 2ª giornata della Serie A 2012/13. Acerbi fa coppia con Bonera al centro della difesa del Milan e i rossoneri vincono 3-1 fuori casa.
Potrebbe essere l'inizio di una bella storia, sarà invece un fuoco di paglia: nella successiva giornata il Milan perde 0-1 in casa con l'Atalanta, Acerbi gioca male e viene relegato in panchina dal tecnico livornese. Da lì in avanti giocherà con il contagocce.
Debutta in Champions League il 24 ottobre 2012 nella trasferta con il Malaga, che vede i rossoneri perdere 1-0. Giocherà anche la sfida ininfluente (la qualificazione agli ottavi è già stata ottenuta) contro lo Zenit del 4 dicembre: anche in questo caso il Milan perde di misura, 0-1 in casa.
In campionato fa la sua ultima apparizione il 6 gennaio 2013 nel successo per 2-1 in casa sul Siena, ma la sua ultima partita in maglia rossonera è datata 9 gennaio 2013: il Diavolo, impegnato nel quarto di finale di Coppa Italia contro la Juventus, cede 2-1 ai bianconeri dopo i tempi supplementari.
In tutto Acerbi colleziona appena 10 presenze e 766 minuti in 6 mesi e mezzo, troppo poco per essere il difensore del futuro sul quale la società aveva investito e i tifosi avevano creduto. Così il 26 gennaio 2013 il Genoa riscatta la metà del cartellino di proprietà del Milan e successivamente la cede nuovamente al Chievo.
"Al Milan ho perso un'occasione importante per la mia carriera", ammetterà Acerbi qualche anno dopo.