Kompany a évolué sous les ordres de Guardiola à City pendant trois saisons et est fortement influencé par le style et la philosophie de l'entraîneur espagnol. Le technicien de 39 ans a rejoint le club bavarois à l'été 2024.
Lors de sa première saison à Munich, Kompany a contribué à la reconquête du titre de Bundesliga par le Bayern, perdu face au Bayer Leverkusen lors de la saison 2023-2024. Cette saison, Kompany a orchestré un début de saison tonitruant pour l'équipe bavaroise, qui affiche actuellement une excellente forme dans toutes les compétitions.
En Bundesliga, le Bayern occupe la première place du classement avec 34 points en 12 matchs (11 victoires et 1 nul). Lors de leur dernier match de championnat, ils ont écrasé Fribourg 6-2 à l'Allianz Arena, grâce à des buts de Lennart Karl, un doublé de Michael Olise, Dayot Upamecano, Harry Kane et Nicolas Jackson. Leur parcours en Ligue des Champions a été tout aussi impressionnant. Ils ont enchaîné les victoires jusqu'à leur dernier match contre Arsenal, où ils se sont inclinés 3-1, concédant ainsi leur première défaite de la saison.
Kombany a reçu les éloges du président du club, Uli Hoeness, qui a affirmé que le Belge succéderait un jour à Guardiola à l'Etihad Stadium. Lors du récent événement d'affaires « Power Days », Hoeness a déclaré : « Kompany a beaucoup appris de Pep Guardiola. Lorsque Max Eberl, le directeur sportif, a suggéré Kompany comme troisième ou quatrième option, Karl-Heinz Rummenigge et moi avons appelé Pep Guardiola, dont nous sommes tous deux de très bons amis, et nous lui avons demandé son avis. Pep nous a dit : “Vous pouvez le prendre les yeux fermés, c'est un entraîneur fantastique, il prendra même les rênes de Manchester City un jour, quand je ne serai plus là.” »
À propos des rumeurs le liant à son ancien club et des propos de Hoeness, Kompany a déclaré : « Je l'ai souvent dit, je ne suis pas là pour commenter les déclarations d'Uli Hoeness. J'ai un immense respect pour lui. Mais dans le football, je ne peux pas me projeter aussi loin. Je me concentre sur le Bayern et sur ce que nous pouvons accomplir dès maintenant. Je préfère vivre pleinement le présent, c'est ce qui occupe tout mon temps. Je ne pense qu'aux autres équipes, je ne vois que le Bayern Munich. »


