La seconda vita nel calcio di Marcolini lo vede nei panni di allenatore, ruolo cui l'ormai ex centrocampista aveva già considerato negli ultimi anni in cui correva in mezzo al campo.
Inizia così la gavetta in panchina, con i primi anni che naturalmente non sono semplici, fra risultati al di sotto delle aspettative ed esoneri anticipati. Marcolini esordisce con un 14° posto ottenuto in Lega Pro Prima Divisione con il Lumezzane, mentre più tribolata è la stagione 2014/15, nella quale, ingaggiato dal Real Vicenza, è prima esonerato a fine gennaio e quindi richiamato a fine febbraio, chiudendo l'anno al 7° posto sempre in Prima Divisione.
Negli anni successivi guida il Pavia (esonero anticipato) e il Santarcangelo (11° posto in Prima Divisione), per poi proseguire gli studi da tecnico e partecipare al corso per l'abilitazione UEFA Pro a Coverciano nel 2017.
Su di lui punta allora l'Alessandria, con cui Marcolini conseguirà i migliori risultati della sua esperienza in panchina fino ad oggi: alla guida dei Grigi, infatti, l'ex centrocampista subentra il 21 novembre 2017 a Cristian Stellini con la squadra in zona playout, la conduce in zona playoff, raggiungendo il 6° posto e perdendo agli ottavi di finale, e vince la Coppa Italia di Serie C (vittorie per 0-1 e 3-1 con la Viterbese nella doppia finale).
Nonostante i brillanti risultati, a fine stagione lascia la squadra piemontese e l'anno seguente si accorda con l'Avellino, ma rinuncia dopo la mancata iscrizione degli irpini alla Serie B. Il 3 ottobre 2018 Marcolini conclude con profitto il Master di Coverciano e diventa allenatore di Prima categoria UEFA Pro.
Nel 2018/19 subentra ad Alvini alla guida dell'Albinoleffe nel Girone B di Serie C e conduce i bergamaschi alla salvezza. Il 2019 è l'anno del ritorno al Chievo, nuovamente in Serie B, ma l'avventura si chiude il 1° marzo 2020 con la squadra ottava in classifica.
Nel 2020 prende in corsa la panchina del Novara, ma la stagione si conclude precocemente con l'esonero anticipato. Poi l'ultima avventura in Italia lo vede nuovamente comporre il binomio con l'Albinoleffe, e concludere l'annata 2021/22 con un 12° posto in Serie C e una nuova salvezza con i bergamaschi.
Finché nel dicembre 2022 la sua carriera da tecnico prende una svolta inattesa: la Federcalcio maltese gli affida la panchina di Malta, nella quale subentra a Devis Mangia. Ma il compito di Michele va ben al di là di quello del semplice Commissario tecnico:
"Qui mi chiamano head coach- racconta a 'La Gazzetta dello Sport' -. Oltre a organizzare le finestre internazionali con la Nazionale Maggiore, il mio compito è infondere le linee guida a tutte le selezioni giovanili. Un ruolo impegnativo, ma molto gratificante".
Nelle qualificazioni ai Campionati europei 2024 la Nazionale maltese è stata inserita nel girone C con gli Azzurri. La sfida di andata a Malta si è conclusa con la vittoria per 0-2 dei Campioni d'Europa in carica, allora allenati da Roberto Mancini. E ora è la volta del ritorno in Italia.
Marcolini però non si preoccupa, ed è immerso nel progetto di crescita dell'intero movimento maltese che gli è stato assegnato.
"Il primo bilancio è molto positivo - assicura - Mi trovo in un Paese con un clima meraviglioso, ricchissimo di bellezze naturali: coste, scogliere, panorami che lasciano a bocca aperta. A volte sembra di essere dentro una cartolina".
"Quando non giochiamo, sono sempre in ufficio - spiega - Dalle 9 alle 19, non l'avevo mai fatto prima. La prima cosa che mi viene chiesta è dare l’esempio a livello comportamentale e umano. Credo che questa sia una buona base di partenza, oltre che nel mondo del lavoro, per la vita in generale".
Al suo fianco, oltre a Davide Mazzotta, c'è anche un altra figura storica del Chievo, Davide Mandelli.
"Per me la sua presenza è motivo di grande tranquillità - assicura Marcolini -. È un ragazzo con cui ho condiviso tantissime esperienze, sia da giocatore, sia da allenatore. Siamo tutto il giorno insieme, praticamente viviamo in simbiosi. Prima che un ottimo collaboratore, è un vero amico".
Se ci vuole un po' di tempo prima di imparare la lingua, come Marcolini stesso ha ammesso qualche tempo fa, il mare è l'elemento che gli fa sentire di meno la nostalgia per l'Italia.
"Ho la fortuna di vedere tutto blu. Ho una stupenda terrazza fronte mare - ha raccontato a 'La Gazzetta dello Sport' - dalla quale posso godere di un panorama mozzafiato. Vivo a Mellieha, nel nord dell’isola. È tutto stupendo".
Gli ingredienti per far bene tutto sommato ci sono, nonostante gli zero punti nelle prime cinque partite: chissà che il centrocampista di mille battaglie, che conoscono bene a Bari, Bergamo e Verona, non possa ritagliarsi grandi soddisfazioni da Commissario e Direttore tecnico nell'isola del Mediterraneo.