Dopo un 2003/04 con risultati deludenti, Lippi decide di porre termine alla sua lunga avventura juventina per accettare una nuova sfida: quella da Commissario tecnico alla guida della Nazionale italiana.
Dopo gli inizi stentati, il Ct. viareggino costruisce un gruppo solido, che nel 2006 lo porterà alla vittoria più esaltante della sua carriera: i Mondiali di Germania. Ci sono fra gli altri i suoi fedelissimi Buffon, Zambrotta, Cannavaro e Del Piero, l'oriundo Camoranesi, ma anche l'interista Materazzi, i milanisti Nesta (che perderà subito per infortunio), Pirlo, dominatore del centrocampo, Gattuso, l'uomo con cui stabilirà una straordinaria affinità temperamentale, Alberto Gilardino e Pippo Inzaghi, che sarà riserva di lusso.
Poi il capitano della Roma Francesco Totti, recuperato in extremis dopo un grave infortunio, e il centravanti della Fiorentina Luca Toni. Senza dimenticare il protagonista a sorpresa, l'esterno mancino del Palermo Fabio Grosso.
Ne nasce un mix perfetto, che assieme ad una serie di 'gregari', e ad uno staff tecnico e dirigenziale ben costruito, porterà la Nazionale a laurearsi campione del Mondo il 9 luglio 2006a Berlino dopo un successo per 6-4 ai rigori sulla Francia di Raymond Domenech e di Zinedine Zidane, che dopo aver portato in vantaggio i suoi su rigore, e il pareggio di Materazzi, nei supplementari perde la testa rifilando una testata al petto al difensore nerazzurro e lascia i Bleus in 10 uomini per l'inevitabile espulsione.
Dato l'1-1 che non cambia nemmeno all'extra-time, tutto si decide con i tiri dal dischetto, che spesso nella loro storia hanno condannato gli azzurri. Invece stavolta le cose vanno molto diversamente.
"Ricordo ancora i momenti vibranti prima dei rigori - dirà Lippi in più occasioni -. Mi venne incontro Del Piero, perché voleva calciare il quinto rigore. Io però gli dissi di no, perché secondo me i più affidabili devono tirare per primi. Alex insistette, così gli concessi il quarto penalty. Il primo lo assegnai a Pirlo, il secondo a Materazzi e il terzo a De Rossi. Mi mancava l'ultimo ma non sapevo a chi affidarlo".
"In quei momenti, più della ragione contano le sensazioni, gli umori, e incrociando lo sguardo di Grosso gli dissi: 'Vai Fabio, il quinto è tuo, sei l’uomo della provvidenza'. Lui mi guardò stupito e rispose: 'Io? Mister ma sei sicuro?'. Ed io insistetti: 'Vai Fabio tu sei l'uomo dell'ultimo minuto: agli ottavi sullo 0-0, ti sei procurato il rigore contro l’Australia al 93', in semifinale hai segnato il goal qualificazione negli ultimi minuti dei supplementari contro la Germania. Tu ci farai vincere la Coppa del Mondo".
"Ero certo che avrebbe fatto goal, i segnali mandati dal destino erano troppo chiari. Infatti ricordo che prima del rigore di Fabio, con estrema calma, tolsi gli occhiali e li chiusi nella zip della tuta, per evitare di romperli come accadde in finale di Champions League del '96, perché ero sicuro di vincere. Così diventammo campioni del mondo".
AFPCon l'impresa di Berlino Lippi porta il suo calcio pragmatico alla sua massima espressione ed esaltazione. Durante il percorso verso la finale, il Ct. si distingue non solo per le scelte tecniche e tattiche, ma anche per lo straordinario spirito di squadra che aveva saputo infondere nei giocatori convocati.
Nel viaggio verso Berlino lui, uno dei tecnici più vincenti della storia del calcio italiano, è protagonista anche di numerosi aneddoti: dal tuffo nel laghetto melmoso di Duisburg promesso ai suoi ragazzi in caso di finale, al 'televisore' mostrato ai presunti operatori e fotografi che pensava stessero spiando l’allenamento prima della semifinale Italia-Germania.
La sera del 9 luglio, dopo il rigore trasformato da Grosso e la cerimonia di premiazione, anche Lippi può stemperare la tensione e lasciarsi andare alla gioia con i suoi ragazzi.
"Da sportivo è stata la più grande soddisfazione che potessi avere - ammetterà a 'La Gazzetta dello Sport' -. Ho avuto la fortuna e l'onore di vincere tanti Scudetti, una Champions League, di essere anche Campione del mondo di club, ma questa Coppa è una cosa unica, irripetibile".
Una celebre foto, in particolare, lo ritrae con il suo proverbiale sigaro, appena acceso, mentre regge fra le mani la Coppa del Mondo.
"Quando ci diedero la coppa, dissi ai ragazzi: 'Prendetela e fate un giro del campo con lei' - racconterà Lippi -. Mentre i riflettori erano tutti puntati meritatamente sui giocatori festanti, io andai a metà campo ed ebbi la brillante idea di accendermi il sigaro. Poi vennero da me, mi diedero la Coppa ed uscì una bellissima foto che custodisco gelosamente".
Getty ImagesDopo il trionfo ai Mondiali 2006, il quarto nella storia della Nazionale italiana, Lippi fa incetta di premi: è 'Commissario tecnico dell'anno' per l'IFFHS, ma anche 'Allenatore dell'anno'World Soccer. Vince inoltre il premio Gianni Brera come 'Sportivo dell'anno' e una Panchina d'Oro speciale.
Al massimo della sua popolarità nazionale e internazionale, acclamato a furor di popolo, dopo esser stato visto per molto tempo espressione della juventinità, e per questo motivo considerato "antipatico" da una fetta del tifo, Marcello Lippi lascia la Nazionale e si prende 2 anni di pausa, salvo tornare al timone dopo la mancata vittoria degli Europei 2008 da parte del nuovo Ct. Roberto Donadoni.
Guida dunque gli Azzurri anche ai Mondiali 2010 in Sudafrica, ma questa volta la spedizione sarà fallimentare. Una bruciante e umiliante eliminazione al Primo turno, con un gruppo ormai logoro nei suoi elementi più rappresentativi, segna l'addio definitivo del Ct. viareggino alla panchina della Nazionale.