Dopo l’addio al Barcellona Romario prosegue a giocare e a fare tanti goal ancora a lungo. Con la maglia rubronegra del Flamengo vince due volte il campionato Carioca (1996 e 1999), 4 volte di fila il titolo di capocannoniere dello stesso torneo (dal 1996 al 1999) e una Coppa Mercosur con relativo titolo di capocannoniere (1999). Nel 1997, suo anno magico, con la Nazionale brasiliana, in cui inizia spesso a far coppia con Ronaldo “Il Fenomeno”, aggiunge al suo palmarès personale altri due trofei: la seconda Copa America e la Confederations Cup , quest'ultima con l'ennesimo riconoscimento di miglior bomber.
In mezzo una nuova esperienza europea: nel 1996 tenta infatti senza successo l’avventura al Valencia, che lo paga 19 miliardi di Lire. Colleziona 12 presenze e 6 gol fra la fine della stagione 1996/97 e la prima metà della successiva, ma le incomprensioni con Claudio Ranieri conducono al ritorno in maglia rossonera nel gennaio 1997.
Il nuovo Ct. del Brasile, Mario Zagallo, lo esclude dai convocati per i Mondiali di Francia ’98. Ma nonostante il dinamismo che si riduce e l’età che avanza, Romario continua a fare quello che ha sempre fatto: segnare. Nel 2000 torna al Vasco da Gama per fare ancora la storia, andando a comporre un tandem esplosivo con un altro personaggio spesso discusso: Edmundo.
In coppia con “O Animal” l’ex blaugrana si aggiudica infatti il suo unico Scudetto brasiliano, fa il bis nella Coppa Mercosur e si laurea capocannoniere del campionato di Rio e del Mondiale per club, torneo che tuttavia perde ai rigori contro il Corinthians. Trionfa da capocannoniere anche nella Coppa João Havelange. A fine stagione si aggiudica il Pallone d’Oro sudamericano, a coronamento di una carriera straordinaria.
Non basta però per garantirli un posto nel Brasile di Felipe Scolari ai Mondiali di Corea e Giappone 2002. Romario si trasferisce al Fluminense, gioca poi per un breve periodo con l'Al-Sadd e inizia l'inesorabile il declino. Fa ritorno per la seconda volta al Vasco. L'obiettivo dichiarato diventano per lui i mille goal in carriera. Nel 2005 si chiude l'avventura con la maglia del Brasile, con la quale totalizza 55 reti in 70 presenze, che lo rendono ancora oggi il 4° bomber di sempre della Seleçao.
Nemmeno in bianconero ritrova però l'antico smalto, così decide di fare un'esperienza nella USL, la Serie B nordamericana, in cui si trasferisce nel 2006 con i Miami FC. Con la formazione della Florida realizza 19 goal e si lancia verso il grande traguardo, che, in base al conteggio personale, taglia a 41 anni con la maglia più amata, quella del Vasco da Gama, cui fa ritorno per la terza e ultima volta nel 2007 dopo aver fatto, da bomber giramondo, anche una breve apparizione nell'A-League australiana con l'Adelaide United.
Quando trasforma il rigore che vale il 3-0 provvisorio contro lo Sport Recife, “O Baixinho” scoppia in un pianto liberatorio. "Ho avuto l'opportunità di raggiungere questo traguardo non solo per me, i miei genitori e la mia famiglia, ma per il mondo intero. - dichiara ai giornalisti di 'O Globo', accorsi sul campo - È stato Dio a volere che oggi la palla entrasse in rete. È un momento straordinario della mia vita".
"Mi fa grande piacere raggiungere questo traguardo, - aggiunge - a livello individuale è il più grande risultato della mia carriera. Lo dedico alla mia famiglia, ai miei figli. Sono molto emozionato. Per ora, grazie. Grazie mille a tutti voi".
C’è una lunga interruzione, nella quale il giocatore del Vasco sostituisce la maglia con una celebrativa e abbraccia sua madre, nel frattempo fatta entrare anche lei in campo. Dopo 20 minuti la partita riprende e si conclude 3-1. Romario firma in tutto 3 goal in 6 gare, poi saluta per sempre la squadra bianconera con 265 goal in 356 partite.
Il 15 aprile 2008 a 42 anni annuncia ufficialmente il suo ritiro. Ma torna ancora in campo due volte: nel 2009 per una promessa fatta al padre, morto l'anno prima, e giocare 25 minuti il 26 novembre 2009 nelle vesti di allenatore-giocatore dell'America di Rio, con cui vince il campionato di Serie B, e nel 2024, a 58 anni suonati, per una comparsata con l’America RJ, di cui era stato nominato presidente. In tutto le statistiche ufficiali gli assegnano 687 goal ufficiali con i club.