Il 2011/12 e il 2013/14 sono gli anni migliori della permanenza di Dzeko al Manchester City, in cui il 'Cigno di Sarajevo' dà sfoggia delle sue qualità e della sua classe, segnando tanti goal come aveva promesso e risultando decisivo per i successi della squadra di Mancini prima e Pellegrini poi.
La stagione 2011/12 è quella del ritorno al titolo inglese dei Citizens dopo 44 anni ma anche della prima Champions League. Pur non giocando sempre titolare, e venendo alternato da Mancini con i compagni di reparto, Dzeko dà un contributo eccellente al successo della sua squadra.
In tutto colleziona 43 presenze e 19 goal, di cui 30 partite e 14 reti in campionato, 4 presenze e 3 goal in League Cup, 5 presenze senza goal in Champions League, 3 presenze e una rete in Europa League.
Edin è titolare nella prima partita assoluta nella massima competizione europea disputata nel Girone A contro il Napoli il 14 settembre 2011 (1-1 all'Etihad Stadium). In campionato alla terza giornata, il 28 agosto 2011 contro il Tottenham, realizza un poker nell'1-5 in trasferta della squadra di Mancini.
Delle restanti 10 reti, ne mette a referto 2 nel derby di andata contro il Manchester United il 23 ottobre (1-6 per il City), ma la più importante è quella che firma il 13 maggio 2012 nell'ultima gara di campionato con il QPR, decisiva per il titolo. Il bosniaco è autore nel finale del punto del provvisorio 2-2, e nel recupero il Manchester City si imporrà 3-2 e porterà a casa il titolo per miglior differenza reti rispetto al Manchester United, appaiato in classifica a quota 89 punti.
"Edin al City è stato un ottimo giocatore - dirà Mancini a 'Sky Sport' nel 2020 -, anche se talvolta mi rompeva le scatole quando stava in panchina. Stavamo costruendo una squadra con 4 attaccanti tutti titolari tra Tevez, Aguero, Dzeko e Balotelli ed era difficile scegliere chi schierare, ma sono stati tutti fondamentali per la conquista del titolo".
Il 2012/13 è quello della conferma personale, anche se a livello di risultati l'annata sarà meno fortunata della precedente. Il City vince infatti soltanto il Community Shield in estate (3-2 sul Chelsea). Dzeko segna comunque 15 goal in 45 partite, 14 in Premier League e uno in Champions League contro il Real Madrid al Bernabeu nella prima gara dei Gironi (3-2 il risultato in favore delle merengues).
L'anno termina male con la sconfitta in finale di FA Cup ad opera del Wigan, che costa l'esonero a Mancini a due giornate dalla fine della Premier con il suo vice Brian Kidd a traghettare la squadra negli ultimi due turni.
In estate sulla panchina dei Citizens approda Manuel Pellegrini e Dzeko è ancora una volta uno dei punti di forza della squadra. Nonostante l'addio in estate di Carlos Tevez, ne nasce una stagione da urlo. Gli 'Sky Blues' vincono la terza League Cup della loro storia, sconfiggendo il 2 marzo 2014 in finale il Sunderland per 3-1. Dzeko insieme a Negredo è il capocannoniere dell'edizione con 6 reti realizzate.
Nel 4-4-2 dell'allenatore cileno,'il Cigno di Sarajevo' fa costantemente coppia in attacco con 'El Kun' Aguero, giocatore con cui si integra alla perfezione per caratteristiche. Trascinato dai suoi due attaccanti, il Manchester City, pur uscendo agli ottavi di Champions contro il Barcellona, sbaraglia la concorrenza anche in campionato e vince il 2° titolo inglese in 3 anni. La matematica certezza arriva l'11 maggio, con il successo per 2-0 in casa sul West Ham che consente ai Citizens di precedere di 2 lunghezze in classifica il Liverpool (86 punti contro 84).
Edin è il 2° migliore marcatore della squadra dopo Aguero: segna in totale 26 reti in 48 partite, fra cui 16 in campionato, 2 in Champions League e 2 in FA Cup (delle 6 in Coppa di Lega abbiamo già detto). Dei goal in Premier 3 sono particolarmente pesanti ai fini della vittoria finale: il 1° che apre le danze in trasferta con il Crystal Palace alla terzultima giornata (0-2), e la doppietta alla penultima con l'Everton, che consente ai suoi di espugnare Goodison Park per 3-2.