Lasciato il calcio giocato nel 2013 dopo un anno al Lumezzane in D, Marcolini decide di intraprendere la carriera da allenatore.
Tra le varie squadre gestite in carriera c'è anche il suo amato Chievo Verona, dal quale verrà però esonerato a metà stagione 2019/2020 malgrado i risultati non fossero così male.
Il 15 dicembre 2022 arriva la chiamata della nazionale di Malta, alla ricerca di un commissario tecnico dopo l'allontanamento di Devis Mangia.
L'ex centrocampista accetta e inizia così il suo primo percorso lontano dall'Italia. Non troppo, ma comunque abbastanza da poter passare al livello di allenatore "internazionale".
Fin qui due partite da CT, entrambe perse, di cui una contro l'Italia nel marzo 2023. La strada è lunga e complicata, ma fare risultati con una nazionale dallo scarso potenziale tecnico potrebbe aprirgli piste inimmaginabili.