Lasciata la capitale dopo esser stato esonerato nel corso dell'ultima difficile stagione, Fulvio Bernardini passa a guidare il Bologna e quando il presidente Renato Dall'Ara gli chiede quale rinforzo vorrebbe per portare in alto i felsinei, resta sorpreso.
"Presidente, la squadra si fa una mossa alla volta. Lei mi prenda Janich, poi pensiamo al resto", sono le sue parole.
Il numero uno rossoblù si aspettava il nome di un centravanti o di un costruttore di gioco, invece dovrà spendere molti soldi per prendere il difensore della Lazio. E resterà sorpreso quando, alla prova dei fatti, 'Francone' si rivelerà un grande innesto.
Trasformato in libero, ruolo nel quale può far valere la sua abilità nell'anticipo e il grande stacco di testa, oltre ad avviare il gioco della squadra, resterà in rossoblù per ben 11 anni, scrivendo, accanto allo stopper Paride Tumburus, pagine indelebili nella storia del club emiliano.
Il tecnico romano plasma negli anni un grande gruppo, che trasforma in una grande squadra, capace di vincere nel 1963/64 uno storico Scudetto 23 anni dopo l'ultima volta grazie alla vittoria per2-0 sull'Inter di Helenio Herrera nello spareggio di Roma.
Nella lunga permanenza con la maglia del Bologna Janich vince anche altri tre titoli. Il primo è la Mitropa Cup 1961. I felsinei arrivano in finale contro gli cecoslovacchi dello Slovan Nitra. Dopo il 2-2 della gara di andata in trasferta, i rossoblù si impongono nettamente 3-0 nel ritorno del Comunale, il 4 aprile 1962, con le reti di Demarco, Pascutti e Nielsen, e sollevano per la terza volta nella loro storia il trofeo.
Nel 1969/70 arriva per il difensore friulano la seconda Coppa Italia in carriera. Il Bologna di Edmondo Fabbri, altro suo grande mentore, la spunta nel girone finale, che si gioca dopo la fine del campionato, sul Torino e sul Cagliari di Scopigno, vincitore dello Scudetto, ma privo dei sei nazionali Albertosi, Cera, Domenghini,Gori, Niccolai e Riva.
Gli emiliani travolgono in casa il Varese, poi vincono 0-4 all'Amsicora e il 10 giugno 1970 si aggiudicano il trofeo superando 2-0 i granata al Comunale. Janich gioca da titolare tutte e 12 le partite di quell'edizione della Coppa Nazionale e ne è uno dei grandi protagonisti.
L'ultimo trionfo in rossoblù, che sarà anche l'ultimo titolo conquistato in carriera da giocatore, il friulano lo ottiene qualche mese più tardi con quelli che ormai sono diventati i compagni di una vita, Giacomo Bulgarelli e Angelo Perani. Nel settembre del 1970, infatti, il Bologna, guidato sempre da Fabbri, ha la meglio nella Coppa di Lega italo-inglese sul Manchester City di Joe Mercer, fresco vincitore della League Cup.
Il 2 settembre 1970 i rossoblù passano 1-0 in casa con rete di Rizzo, in una partita che Janich guarda dalla panchina. Nel ritorno in Inghilterra, invece, il 23 settembre, a Maine Road, c'è bisogno di lui e Janich parte titolare: 2-2 il risultato finale, che assegna a Bulgarelli e compagni il prestigioso trofeo.
La prestazione in assoluto più memorabile del difensore friulano in rossoblù risale però alla Coppa delle Fiere 1966/67 e a raccontarla sulle pagine del Corriere dello Sport è il giornalista Adalberto Bortolotti.
"Se devo ricordare una prestazione memorabile di Janich, torno con la mente alla stagione 1966-67, ottavi di finale della Coppa delle Fiere - dirà -. Il Bologna giocava in Inghilterra, nella tana del West Bromwich. Allenatore rossoblù Carniglia, inglesi all’assalto, Bologna in trincea con Francone che calamitava tutti i palloni alti, svettando come un gigante fra compagni e avversari. Un autentico spettacolo. Il Bologna vinse 3-1, e fu storicamente il primo successo di una squadra di club in Inghilterra in una competizione ufficiale".