Nato a Rio de Janeiro il 12 febbraio 2001, Joao Gomes è un prodotto del florido settore giovanile del Flamengo: approdato al club rossonero a soli 8 anni, ha fatto tutta la trafila nelle giovanili prima della promozione tra i grandi.
Col Mengao ha vinto cinque trofei: un campionato Carioca, un Brasileirao, una Coppa del Brasile, una Supercoppa nazionale e, soprattutto, la Copa Libertadores nel 2022.
A gennaio 2023 ha lasciato i rossoneri per intraprendere l'avventura in Europa al Wolverhampton: affare da circa 19 milioni di euro finiti nelle casse del club brasiliano.
In tre anni coi 'Wolves', Joao Gomes ha collezionato 112 presenze condite da 7 goal e 4 assist, nessuno dei quali nella stagione in corso che vede la squadra all'ultimo posto della Premier League con soli 7 punti all'attivo.