Le prestazioni e la crescita esponenziale con il Real Madrid hanno fatto da solidi presupposti per il suo ingresso nel giro della Nazionale. Le prime apparizioni con Del Bosque, infatti, hanno preceduto la consacrazione avvenuta sotto la guida di Lopetegui.
L'attuale allenatore del Wolverhampton ha sempre nutrito grande stima in lui, al punto da farne uno dei perni della sua squadra in vista dei Mondiali da disputare in Russia nell'estate del 2018.
Quella rassegna, però, si rivelerà un fallimento totale: Lopetegui lasciò la panchina ad una manciata di mesi dal torneo con le Furie Rosse guidate da Hierro che uscirono di scena, mestamente, dopo la fase a gironi.
Isco e Lopetegui si sono poi ritrovati al Real Madrid all'imbocco della stagione 2018/19, la prima senza Cristiano Ronaldo e dopo la chiusura del (primo) ciclo Zidane. Un idillio che prosegue? Decisamente no, perché l'ex ct viene licenziato dopo appena 3 mesi, lasciando spazio a Santiago Solari, chiamato a ricomporre i cocci di una stagione complicatissima, ma c'è un problema: il nuovo allenatore non usa il trequartista e i margini per Isco si riducono clamorosamente.
I rapporti con l'ex Inter sono tutt'altro che distesi e vanno di pari passo con lo scarso impiego del fantasista spagnolo, ma dopo la clamorosa debacle in Champions contro l'Ajax, a pagare per tutti è proprio tecnico argentino.
Il ritorno di Zidane nel mese di marzo sembra infatti il classico raggio di sole chiamato a squarciare le nubi e Isco ritrova la serenità perduta tornando a rivestire un ruolo di primaria importanza nell'impianto di gioco di 'Zizou'. Ma sarà soltanto un fuoco di paglia.
Nelle due stagioni successive, Isco continua a difettare dal punto di vista fisico e il ragazzo di Benalmadena precipita nelle gerarchie dell'allenatore chiamato ad esaltarlo. Il numero di presenze continua a scendere in maniera inesorabile, anche quando sulla panchina del Madrid si registra un altro grande e gradito ritorno, quello di Ancelotti.
In bacheca finiscono altri due campionati e una Champions League, la quinta della sua carriera, ma di quell'Isco che dopo l'addio di CR7 avrebbe dovuto prendere letteralmente per mano il Real Madrid non vi è più traccia. Al termine della stagione le strade si separano dopo la naturale scadenza del contratto. Dopo 9 anni, Isco sveste la camiseta blanca. Sipario.
"Il Real Madrid desidera esprimere la sua gratitudine e il suo affetto a Francisco Alarcón 'Isco', che in questi nove anni è riuscito a diventare una leggenda del nostro club.
È arrivato al Real Madrid quando aveva solo 21 anni e durante questo periodo ha vissuto un'epoca che rimarrà nella memoria di tutti i tifosi. Isco ha vinto 19 titoli: 5 Coppe dei Campioni, 4 Mondiali per club, 3 Supercoppe Europee, 3 campionati, 1 Copa del Rey e 3 Supercoppe di Spagna. Inoltre, è stato nominato miglior giocatore della finale di Supercoppa Europea 2017.
Il suo calcio ha lasciato il segno in tutti i madridisti che hanno condiviso con lui questa lunga strada, ricca di successi e grandi momenti indimenticabili. Il Real Madrid è e sarà sempre la sua casa e augura a lui e a tutta la sua famiglia buona fortuna".