La Juventus acquistò Morata nel luglio 2014, elargendo 20 milioni di euro nelle casse del Real Madrid: proprio i 'Blancos' vennero puniti dal loro figliol prodigo per due volte tra andata e ritorno in semifinale di Champions League, dove per la 'Vecchia Signora' arrivò una sconfitta in finale per mano del Barcellona marziano di Messi, Suarez e Neymar.
A siglare la rete del momentaneo pareggio nel match disputato a Berlino fu proprio Morata, a segno cinque volte in quella campagna continentale. Alla fine le reti stagionali furono quindici, due i trofei portati a casa: una Coppa Italia e uno Scudetto, con 'Triplete' sfiorato.
Nella stagione successiva Morata non andò oltre le dodici marcature, ma il computo delle coppe vinte aumentò: all'accoppiata Scudetto-Coppa Italia si aggiunse anche una Supercoppa Italiana. Nell'ultimo atto della coppa nazionale, peraltro, Morata fu decisivo col goal che piegò il Milan nel secondo tempo supplementare, due minuti dopo l'ingresso in campo.
Al termine della stagione 2015/16 il Real Madrid decise di far valere una clausola inserita due anni prima nel contratto di cessione di Morata, riportato a casa per 30 milioni di euro.