Kovacic all'Inter ha già giocato dal 2013, quando fu prelevato dalla Dinamo Zagabria, al 2015. Due anni che gli hanno consentito di consacrarsi e attirare le attenzioni del Real Madrid, che per lui ha investito circa 30 milioni di euro più bonus.
Tre Champions League vinte (oltre a una Liga, a una Supercoppa di Spagna, a due Supercoppe UEFA e a due Mondiali per Club) con i blancos prima di trasferirsi nel 2018 per 45 milioni di euro al Chelsea, dove ha vinto un'altra Champions League, un'altra Supercoppa Europea, un'Europa League e un altra Coppa del Mondo per club.
Nel 2023 un altro cambio, lo spostamento al Manchester City fresco Campione d'Europa (battendo l'Inter in finale) per circa 30 milioni di euro. E altri titoli: una Premier league, una Coppa di Lega, una FA Cup, un Community Shield, un'altra Supercoppa UEFA e un altro Mondiale per club.