Mark van Bommel ha iniziato la sua carriera da allenatore nel gennaio 2014 come vice di Maarten Stekelenburg nella Nazionale olandese Under 17, un’esperienza durata pochi mesi, fino al luglio dello stesso anno.
Nel 2015/16 ha poi affiancato Bert van Marwijk come assistente tecnico alla guida della Nazionale dell’Arabia Saudita, prima di iniziare la sua prima vera esperienza da allenatore principale con il PSV Under 19 nella stagione 2017/18.
A luglio 2018 firma il contratto come tecnico della prima squadra del PSV. Alla guida del club olandese, van Bommel colleziona una media di 1,95 punti a partita in 75 gare complessive, in un’avventura durata una stagione e mezza (fino a dicembre 2019).
L’esperienza successiva in Bundesliga con il Wolfsburg si rivela meno fortunata: dura soltanto 13 partite prima dell’esonero, avvenuto nell’ottobre 2021.
Nel luglio 2022 riparte dall’Anversa, dove siede in panchina per 107 partite, vincendo la Coppa del Belgio e, soprattutto, il campionato nazionale. Dopo un sesto posto nella stagione successiva, van Bommel e il club decidono di interrompere il rapporto, e l’allenatore intraprende un anno sabbatico.