Cinq mois seulement après son arrivée en Arabie saoudite, des informations ont circulé selon lesquelles Duran pourrait quitter Al-Nassr, où il ne s'était pas adapté, bien qu'il ait marqué 12 buts en seulement 18 apparitions. Bien que six clubs différents lui aient proposé de revenir en Premier League, l'attaquant a une nouvelle fois choisi l'option la plus lucrative en rejoignant le Fenerbahçe de José Mourinho en Turquie, sous forme de prêt.
Le géant de la Super Lig a tout mis en œuvre pour recruter son joueur, son directeur sportif se rendant même à Medellin pour s'entretenir en personne avec Duran afin de le convaincre de choisir son club plutôt que de retourner en Angleterre, selon The Athletic. Parallèlement, le club a fait valoir à Al-Nassr qu'il pourrait faire remonter sa valeur marchande au cours d'une saison en Turquie, plutôt que d'être vendu à perte cet été-là.
Une fois de plus, cependant, les choses ne se sont pas déroulées comme prévu. Mourinho aurait été irrité par le fait que le joueur, alors âgé de 21 ans, ne se soit pas présenté le premier jour de la pré-saison, et la presse espagnole lui aurait attribué des propos qualifiant Duran de « irrespectueux ». Cependant, Fenerbahçe a nié que l'entraîneur ait fait une telle déclaration, tout en semblant admettre que le joueur était effectivement arrivé en retard. On ne sait toujours pas si cela avait été convenu à l'avance. « Les déclarations faites par notre entraîneur José Mourinho dans la presse étrangère concernant notre joueur Jhon Duran sont totalement fausses », ont-ils déclaré. « Notre entraîneur n'a fait aucune déclaration à ce sujet. Notre joueur est arrivé au Portugal ce soir pour rejoindre le camp d'entraînement de notre équipe en Algarve. »
Mourinho a ensuite été limogé un mois seulement après le début de la nouvelle saison, après avoir échoué à qualifier son équipe pour la Ligue des champions. Son licenciement a coïncidé avec une inflammation osseuse dont souffrait Duran, qui l'a tenu éloigné des terrains de fin août à début novembre. Le nouveau président du club, Sadettin Saran, a été contraint de démentir les rumeurs sensationnelles selon lesquelles l'attaquant simulait une blessure parce qu'il ne voulait pas jouer, irrité par la décision de licencier le célèbre tacticien portugais. « Jhon Duran est réellement blessé. J'ai parlé avec son médecin en Espagne et j'ai examiné les résultats de son IRM. Il nous rejoindra dans quelques semaines », a déclaré Saran lors d'une conférence de presse en octobre.
Lorsqu'il était disponible, Duran était beaucoup moins prolifique, alors que des rumeurs faisaient état de nouvelles difficultés psychologiques. Il n'a marqué que cinq buts en 21 apparitions, et son attitude posait également problème. Malgré ces difficultés, tout le monde s'attendait à ce qu'il termine la saison à Istanbul, mais début février, il a soudainement mis fin à son prêt au Fenerbahçe et est tombé dans l'oubli.