Dopo dieci anni d'Europa, Juan Camilo Zuniga ha deciso di tornare a casa, in Colombia: il difensore ex Napoli infatti giocherà nell' Atletico Nacional , club che milita nel massimo campionato colombiano e nel quale il l'esterno destro azzurro ha mosso i primi passi da calciatore e iniziato la propria carriera da professionista. Prestito per un anno con opzione per una seconda stagione, questa la formula del trasferimento, con Zuniga che tornerà pertanto in campo dopo una metà stagione da fuori rosa nel Watford, che ne deteneva il cartellino.
Molto soddisfatto dell'accordo trovato, il club colombiano non ha mancato di rendere noto con enfasi, alla propria tifoseria, il ritorno di un 'verdolaga' doc: " Un guerriero torna a casa per conquistare gloria e nuovi trofei ".
Lasciato l'Atletico Nacional nel 2008, dopo 140 partite e 9 goal, fra campionato e coppe, Zuniga era arrivato in Italia per vestire la maglia del Siena, per poi approdare al Napoli nella stagione successiva. Col club azzurro Zuniga ha giocato dal 2009 al 2016, mettendo insieme 162 partite e 4 goal, fra campionato e coppe.
Nel 2016 Zuniga è finito in prestito prima al Bologna nella prima metà della stagione 2016-2017 e al Watford nella seconda parte d'annata. Nella nuova stagione Zuniga è rimasto ai margini della squadra, ma adesso potrà nuovamente assaporare il gusto delle partite ufficiali, in un club che è di fatto casa sua.