La sua permanenza all'Inter è rimasta nella storia: in maglia nerazzurra Julio Cesar ha vinto praticamente tutto, ritagliandosi uno spazio importante nella squadra che conquistò l'Italia, l'Europa e il mondo tra il 2006 e il 2010.
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A Milano arrivò nella stagione 2004/2005 grazie ad una telefonata del connazionale Adriano, come rivelato in esclusiva ai microfoni di DAZN nel corso dell'intervista con Diletta Leotta.
"Ero a fine contratto col Flamengo nel 2004 e mio padre si trovava in Portogallo per chiudere col Porto. Adriano mi chiama e mi dice: 'Guarda che il mio allenatore, Roberto Mancini, mi ha chiesto di entrare in contatto con te per venire qui da noi. Lui ti vuole, ti ha visto giocare in Copa America'. Io subito ho detto sì, ho chiamato mio papà dicendogli di fermarsi perché c'era l'interesse dell'Inter. Per fortuna è andata bene. Il mio approdo all'Inter è merito di Adriano".
Julio Cesar entrò a far parte della prima squadra soltanto nell'annata 2005/2006, dopo un prestito tra le file del Chievo, in quanto l'Inter non aveva più slot liberi a disposizione per i giocatori extracomunitari.
Apprezzatissimo da Roberto Mancini, fu abile a togliere il posto a un certo Francesco Toldo: il resto, e tutte le sue vittorie, è noto a chiunque ami il calcio.