Dopo Bundesliga, Serie A e campionato brasiliano, dopo aver vinto con i club e con la sua Nazionale, Juan ha appeso gli scarpini al chiodo. Il difensore centrale, infatti, ha deciso di smettere compiuti i quarant'anni, così da iniziare una nuova vita, probabilmente però sempre nel mondo del calcio.
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In Italia con la maglia della Roma tra il 2007 e il 2012, Juan ha giocato le sue ultime stagioni con il Flamengo, dopo aver vestito in Europa la casacca del Bayer Leverkusen e in patria quella dell'Internacional, oltre alla squadra con cui era cresciuto prima di spiccare il volo verso la Germania. Proprio lo stesso Flamengo.
Flamengo che per rendere omaggio ad uno dei centrali più rappresentativi del suo nuovo millennio ha voluto organizzare una sorpesa: Juan era convinto di dover rilasciare un'intervista con la televisione del club, invece sollevata una saracinesca si è ritrovato di fronte compagni di squadra, amici e parenti, pronti a festeggiarlo.
Grande commozione per Juan e il resto delle persone presenti, che hanno intonato cori per il classe 1979, scattando le immancabili foto e augurando buona fortuna al brasiliano, probabilmente uomo immagine del club in futuro. Se non dovesse arrivare la carriera da dirigente o tecnico.
In Serie A Juan ha realizzato undici goal, vincendo la Coppa Italia del 2007/2008 e la Supercoppa Italiana del 2007. Dopo l'annuncio del ritiro sia la Roma, sia i suoi vecchi compagni giallorossi hanno invaso i social per ricordare quanto fatto nella Capitale: da Pjanic a Perrotta, nessuno ha voluto mancare all'appuntamento.
Dopo ventitre anni ad alti livello, Juan saluta un mondo del calcio completamente cambiato da quando, giovanissimo, cominciava a darsi da fare con la maglia del Flamengo. Ora si volta pagina.