A segunda fase foi disputada pelas 40 equipes vencedoras da fase anterior, em partida única. Em caso de empate a vaga era decidida na disputa por pênaltis. Os confrontos desta fase seguiram o chaveamento pré-determinado no primeiro sorteio.
CHAVE 1
Sousa 1 x 0 Petrolina - 7 de março, às 20h30, no Marizão
CHAVE 2
Botafogo-SP 2 x 1 Anápolis - 14 de março, às 21h30, no Santa Cruz
CHAVE 3
São Bernardo 0 x 2 Corinthians- 14 de março, às 20h, no Primeiro de Maio
CHAVE 4
Sampaio Corrêa 0 (5) x (3) 0 Ferroviário - 13 de março, às 21h30, no Castelão
CHAVE 5
Fortaleza0 (3) x 2) 0 Retrô - 14 de março, às 21h30, no Marizão
CHAVE 6
Ypiranga 2 x 0 Porto Velho - 13 de março, às 19h, no Colosso da Lagoa
CHAVE 7
Portuguesa-RJ 0 (3) x (4) 0 Cuiabá- 12 de março, às 21h30, no Luso-Brasileiro
CHAVE 8
ABC 1 (4) x (5) 1 Brusque- 12 de março, às 21h30, no Frasqueirão
CHAVE 9
Maringá 0 x 1 Amazonas- 14 de março, às 21h30, no Willie Davids
CHAVE 10
Vila Nova-MG 0 x 2 Operário-PR - 7 de março, às 19h, no Castor Cifuentes
CHAVE 11
Caxias 2 (5) x (6) 2 Bahia - 12 de março, às 21h30, no Centenário
CHAVE 12
Sport 1 (5) x (4) 1 Murici - 13 de março, às 19, na Arena Pernambuco
CHAVE 13
Vasco 3 (4) x (1) 3 Água Santa - 7 de março, às 20h, no São Januário
CHAVE 14
América-RN 3 x 0 São Luiz - 13 de março, às 21h30
CHAVE 15
Real Brasília 1 x 3 Atlético-GO - 6 de março, às 20h, no Bezerrão
CHAVE 16
CRB 2 x 0 Athletic - 12 de março, às 19h, no Rei Pelé
CHAVE 17
Águia de Marabá 3 x 0 Capital-TO - 14 de março, às 20h30, no Zinho de Oliveira
CHAVE 18
Brasiliense 1 (1) x (3) 1 Criciúma- 14 de março, às 19h
CHAVE 19
Nova Iguaçu 0 x 2 Internacional- 13 de março, às 20h
CHAVE 20
Juventude 3 x 1 Paysandu - 12 de março, às 19h, no Alfredo Jaconi