2014年に華々しい選手生活を終えた後、ガブリエル・エインセ氏はすぐに指導者に転身。アルゼンチンのトップリーグで監督キャリアをスタートさせ、ゴドイ・クルス、アルヘンティノス・ジュニアーズ、ベレス・サルスフィエルドなどのクラブを率いた。2021年にはアトランタ・ユナイテッドでメジャーリーグサッカーに短期間挑戦したが、そこではわずか6か月間の在籍で指揮を退いた。
最近の役職は、選手生活をスタートさせたクラブでもあるニューウェルズ・オールドボーイズの監督だった。アルゼンチンのクラブで1年間活動したことを経て、指導経験と戦術哲学をさらに深め、それをプレミアリーグに持ち込もうとしている。