Rabiot a rejoint le club français gratuitement, signant un contrat de deux ans avec l'équipe de Roberto De Zerbi. Il a impressionné l'équipe en lui offrant la deuxième place du championnat, inscrivant neuf buts et délivrant cinq passes décisives en 29 matchs.
Malgré ses excellentes performances, des rumeurs de tensions ont parfois circulé au sein de l'effectif marseillais cette saison, même si Rabiot lui-même a démenti ces affirmations. Néanmoins, le joueur de 30 ans a laissé entendre qu'il pourrait partir cet été, même s'il est impatient de disputer la Ligue des champions la saison prochaine.
Sur Canal+, il a déclaré : « La Ligue des champions au Vélodrome ? Ça va être spectaculaire. Personnellement, je ne veux pas trop m'avancer sur ce qui va se passer la saison prochaine. On aura un moment pour discuter avec le président [Pablo Longoria], avec Medhi [Benatia, directeur sportif], pour en parler. Vivre ces émotions dans la plus grande compétition européenne, ça doit être extraordinaire.»
Marseille espère convaincre l'international français de rester au club une saison supplémentaire, s'appuyant sur une saison positive, marquée par les 21 buts de Mason Greenwood en championnat.