L'ailier a été aperçu en train de sortir tard deux jours avant que la Belgique n'affronte les Pays-Bas dans un match crucial de la Ligue des Nations le mois dernier.
L'incident n'a pas été bien accueilli dans son pays d'origine, tandis que Hazard a fait l'objet de vives critiques à Madrid également.
"Eden a un rôle important à jouer dans l'équipe, en tant que personne mais aussi en tant que capitaine", a déclaré Martinez à la RTBF.
"Nous faisons confiance à nos joueurs, et il a été autorisé à passer du temps libre.
"Il y a une histoire très claire derrière cela, mais je ne vais pas en parler en public, cela sera géré en interne. Je ne voudrais pas que cela se répète, mais il y a des raisons pour cette histoire."
Hazard a été un désastre absolu depuis qu'il a rejoint le Real Madrid dans un accord de 100 millions d'euros en 2019.
Arrivé en surpoids pour la pré-saison, il a posé les jalons d'une première série de trois saisons et quelques en difficulté.