Conquistar a Copa Libertadores e, ainda, o Mundial de Clubes é um privilégio que poucos times da América do Sul, principalmente os brasileiros, podem ter. Porém, isto não é um problema para o Santos que, empatado com Corinthians e atrás do São Paulo, é um dos times do país mais vencedores da competição.
A primeira conquista do Santos aconteceu em 1962 , quando a competição ainda carregava o nome de Copa Intercontinental. Na época, o torneio era disputado pelo campeão sul-americano e o campeão europeu, que disputam uma partida de ida e volta para conhecerem o campeão do mundo.
Então, na ocasião, o Santos bateu o Benfica, por 3 a 2, com dois gols de Pelé e um de Coutinho, no primeiro jogo do Mundial. Depois, no Estádio da Luz, uma goleada de 5 a 2, com três gols de Pelé, um de Coutinho e outro de Pepe, garantiu o Peixe como campeão do Mundo.
A segunda conquista do Santos, porém, não demorou muito. Um ano depois, a equipe da Vila Belmiro estava de volta para mais uma edição do Mundial. O time foi derrotado no primeiro jogo, por 4 a 2, pelo Milan no San Siro, em Milão, com Pelé anotando dois gols para o Peixe.
Depois, no jogo da volta com o Maracanã com mais de 130 mil pessoas, o Santos devolveu o mesmo placar, fazendo com que a partida fosse decidido em um outro duelo de desempate. A partida, que também aconteceu no Rio de Janeiro, teve o Peixe batendo o Milan por 1 a 0, com gol de Dalmo.
Vale destacar que o Santos ainda disputou o Mundial de Clubes em 2011. Na ocasião equipe ficou com o vice-campeonato após ser derrotada pelo Barcelona, da Espanha.