Antes de iniciar a carreira à beira do gramado, Pedro Emanuel construiu uma história de destaque como jogador do Porto. Atuando como zagueiro, conquistou cinco títulos do Campeonato Português, a Copa da Uefa de 2002/03, a Liga dos Campeões da temporada 2003/04 e o Mundial de Clubes de 2004. Entre 2005 e 2009, também exerceu a função de capitão da equipe.
Depois de pendurar as chuteiras, permaneceu no Porto como auxiliar técnico e treinador das categorias de base. Entre 2011 e 2017, comandou clubes como Académica de Coimbra, Arouca, Estoril e Apollon Limassol, do Chipre, período em que conquistou seus primeiros títulos como treinador.
Ao longo da carreira, Pedro Emanuel levantou quatro troféus: a Taça de Portugal de 2011/12 pela Académica de Coimbra, a Taça do Chipre e a Supertaça do Chipre pelo Apollon Limassol, além da Copa do Rei da Arábia Saudita de 2019, conquistada com o Al Taawoun.
Foi justamente no Al Taawoun que viveu um dos melhores momentos da carreira. Entre 2018 e 2019, comandou a equipe em 36 partidas, somando 22 vitórias, oito empates e apenas seis derrotas, desempenho que lhe rendeu o título nacional e abriu portas para novos desafios no exterior.