2026特別シーズンでは、通常のJリーグとは異なる特別ルールが採用される。最大の特徴は、すべての試合でPK戦による完全決着方式を導入する点だ。90分で勝敗がつかない場合は即座にPK戦が行われ、引き分けは存在しない。これにより、短期間でも勝点争いが明確化され、順位決定のスピード感が増す。
また、J1・J2・J3いずれの大会でも昇格・降格は行われない。JFLとの入れ替え戦も実施されず、順位はあくまで大会内での評価にとどまる。一方で、J1の優勝クラブには翌シーズンのAFCチャンピオンズリーグエリート出場枠が付与されるほか、全カテゴリーで「勝点1ごと」「最終順位ごと」に応じた特別助成金が設定される。この助成金は、J1総額12億円、J2・J3総額6億円と大規模なものとなっている。
登録面でも変更があり、登録ウインドーは1回のみで2026年1月12日(月)~4月8日(水)まで。追加登録は5月1日(金)まで可能とし、短期決戦に合わせたスケジュール管理が求められる。
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