4月22日に開幕する第97回天皇杯全日本サッカー選手権大会に向け、4月9日に33府県で代表決定戦が行われた。この結果、都道府県代表47チーム全てが決定した。
静岡県代表の決定戦では、J3の藤枝MYFCとアスルクラロ沼津が対戦。3-0で沼津が勝利し、本大会出場を決めた。また、栃木県代表決定戦では、栃木SC（J3）が栃木ウーヴァFCに、福島県代表決定戦では福島ユナイテッドFC（J3）がいわきFCに敗れる波乱があった。
天皇杯1回戦は4月22日と23日に1回戦が行われ、6月21日に行われる2回戦から、J1とJ2のチームが出場する。天皇杯に出場する都道府県代表47チームは以下の通り。
◇都道府県代表47チーム
北海道
ノルブリッツ北海道FC（第94回[2014年]大会以来6回目の出場）
青森
ヴァンラーレ八戸（6年連続7回目の出場）
岩手
グルージャ盛岡（10年連続11回目の出場）
宮城
ソニー仙台FC（2年連続19回目の出場）
秋田
ブラウブリッツ秋田（16年連続24回目の出場）
山形
FCパラフレンチ米沢（第89回[2009年]大会以来2回目の出場）
福島
いわきFC（天皇杯初出場）
茨城
筑波大学（2年連続30回目の出場）
栃木
栃木ウーヴァFC（5年連続9回目の出場）
群馬
tonan前橋（第95回[2015年]大会以来4回目の出場）
埼玉
東京国際大学（3年連続5回目の出場）
千葉
ブリオベッカ浦安（第94回[2014年]大会以来3回目の出場）
東京
国士舘大学（第88回[2008年]大会以来15回目の出場）
神奈川
Y.S.C.C.横浜（第94回[2014年]大会以来7回目の出場）
山梨
韮崎アストロス（第95回[2015年]大会以来14回目の出場）
長野
AC長野パルセイロ（6年連続7回目の出場）
新潟
新潟医療福祉大学（2年連続2回目の出場）
富山
カターレ富山（2年連続9回目の出場）
石川
北陸大学（3年連続3回目の出場）
福井
サウルコス福井（6年連続9回目の出場）
静岡
アスルクラロ沼津（天皇杯初出場）
愛知
FCマルヤス岡崎（第95回[2015年]大会以来3回目の出場）
三重
鈴鹿アンリミテッドFC（2年連続4回目の出場）
岐阜
岐阜経済大学（第94回[2014年]大会以来2回目の出場）
滋賀
びわこ成蹊スポーツ大学（第94回[2014年]大会以来5回目の出場）
京都
アミティエSC京都（第92回[2012年]大会以来2回目の出場）
大阪
FC大阪（第95回[2015年]大会以来3回目の出場）
兵庫
バンディオンセ加古川（2年連続8回目の出場）
奈良
奈良クラブ（9年連続9回目の出場）
和歌山
アルテリーヴォ和歌山（9年連続9回目の出場）
鳥取
ガイナーレ鳥取（18年連続20回目の出場）
島根
松江シティFC（3年連続4回目の出場）
岡山
三菱水島FC（第89回[2009年]大会以来11回目の出場）
広島
SRC広島（2年連続4回目の出場）
山口
徳山大学（2年連続9回目の出場）
香川
アルヴェリオ高松（2年連続2回目の出場）
徳島
FC徳島セレステ（2年連続2回目の出場）
愛媛
FC今治（9年連続9回目の出場）
高知
高知ユナイテッドSC（2年連続2回目の出場）
福岡
ギラヴァンツ北九州（10年連続10回目の出場）
佐賀
佐賀大学（第94回[2014年]大会以来8回目の出場）
長崎
MD長崎（2年連続2回目の出場）
熊本
熊本県教員蹴友団（第94回[2014年]大会以来3回目の出場）
大分
ヴェルスパ大分（第95回[2015年]大会以来7回目の出場）
宮崎
宮崎産業経営大学（第93回[2013年]大会以来5回目の出場）
鹿児島
鹿児島ユナイテッドFC（4年連続4回目の出場）
沖縄
FC琉球（8年連続11回目）