Matheus Cunha foi o goleiro escolhido por Tite, até então treinador do Flamengo, para jogar a Copa do Brasil enquanto Rossi, atual titular, defendia a meta rubro-negra na Copa Libertadores e no Brasileirão.
Enquanto Tite esteve a frente do Flamengo, Cunha foi titular em seis jogos na competição e sofreu apenas um gol, diante do Palmeiras, no Allianz Parque, pelas oitavas de final.
Com a chegada de Filipe Luís, o rodízio acabou e Rossi passou a ser titular também durante a Copa do Brasil. Ao todo, Matheus Cunha soma 11 jogos na atual temporada com 5 gols sofridos.