Após encerrar sua trajetória no Parque São Jorge, Fagner passou a defender o Cruzeiro em definitivo. O lateral-direito construiu uma das carreiras mais longevas do elenco corinthiano na última década: foram 578 partidas disputadas, sétimo jogador que mais vestiu a camisa do clube, e sete títulos conquistados ao longo de 11 temporadas consecutivas.
Entre as principais taças estão os Campeonatos Brasileiros de 2015 e 2017, além dos Paulistas de 2017, 2018 e 2019.
Em 2025, quando ainda estava vinculado por empréstimo, cláusulas contratuais impediram que enfrentasse o Corinthians. O acordo previa multa milionária por partida disputada contra o ex-clube, o que levou o Cruzeiro a não utilizá-lo em compromissos diretos pelo Campeonato Brasileiro e Copa do Brasil.
Com a rescisão em definitivo e novo contrato firmado com a Raposa até o fim da temporada, o cenário mudou. Agora, Fagner está liberado para encarar o antigo time sem qualquer impedimento.
Desde que chegou a Belo Horizonte, soma 23 partidas, ainda sem gols e com uma assistência registrada.
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