Após deixar o Barcelona, Romário seguiu fazendo o que sabia de melhor: marcar gols — muitos gols. Vestindo a camisa rubro-negra do Flamengo, conquistou dois Campeonatos Cariocas (1996 e 1999), quatro títulos consecutivos de artilheiro do torneio (de 1996 a 1999) e a Copa Mercosul de 1999, também como goleador máximo. Em 1997, viveu um novo ano mágico com a seleção basileira, frequentemente formando dupla com Ronaldo, o “Fenômeno”. Naquele ano, acrescentou à sua coleção a segunda Copa América e a Copa das Confederações, ambas com o prêmio de artilheiro.
Entre essas conquistas, Romário ainda tentou uma nova passagem pela Europa. Em 1996, transferiu-se para o Valencia, que pagou 19 bilhões de liras por sua contratação. No entanto, as divergências com o técnico Claudio Ranieri e o clima tenso no vestiário limitaram sua passagem a 12 jogos e 6 gols, entre o fim da temporada 1996/97 e o início da seguinte. Em janeiro de 1997, retornou ao Flamengo.
No ano seguinte, o técnico Mário Zagallo o deixou fora da convocação para a Copa do Mundo da França, uma decisão polêmica que gerou protestos até hoje lembrados. Mesmo com a idade avançando e o fôlego diminuindo, Romário manteve o faro de gol. Em 2000, voltou ao Vasco da Gama e escreveu mais um capítulo glorioso de sua carreira, formando uma parceria explosiva com Edmundo, o “Animal”.
Juntos, conquistaram o Campeonato Brasileiro, a Copa Mercosul e dividiram o protagonismo em uma das duplas mais temidas do futebol nacional. Romário ainda foi artilheiro do Campeonato Carioca, da Copa João Havelange e do Mundial de Clubes da Fifa, torneio que acabou perdido nos pênaltis para o Corinthians. A temporada terminou com a conquista da Bola de Ouro sul-americana, coroando uma trajetória já lendária.
Mesmo assim, não foi o suficiente para garantir sua convocação para a Copa do Mundo de 2002, sob o comando de Luiz Felipe Scolari. Determinado, Romário seguiu jogando. Passou pelo Fluminense, teve uma breve passagem pelo Al Sadd, no Qatar, e iniciou o inevitável declínio físico. Ainda retornou ao Vasco pela segunda vez, com um objetivo declarado: alcançar a marca dos mil gols na carreira.
Em 2005, encerrou sua trajetória com a seleção brasileira, com 55 gols em 70 partidas — marca que o mantém até hoje entre os quatro maiores artilheiros da história da equipe. No Vasco, entretanto, o brilho já não era o mesmo, e ele decidiu se aventurar nos Estados Unidos. Em 2006, assinou com o Miami FC, da segunda divisão norte-americana, onde marcou 19 gols e deu os passos finais rumo ao feito pessoal que tanto sonhara.
De volta ao Vasco em 2007, após uma breve passagem pelo Adelaide United, da Austrália, Romário alcançou o tão aguardado milésimo gol, segundo sua contagem pessoal, aos 41 anos. Foi em 20 de maio de 2007, convertendo um pênalti no 3 a 0 provisório sobre o Sport Recife. Após o gol, o craque desabou em lágrimas:
“Tive a oportunidade de alcançar esse objetivo não apenas por mim, mas pelos meus pais, minha família e o mundo inteiro. Foi Deus que quis que a bola entrasse. É um momento extraordinário da minha vida.”
Emocionado, completou: “A nível individual, é o maior resultado da minha carreira. Dedico à minha família e aos meus filhos. Estou muito emocionado. Muito obrigado a todos vocês.”
O jogo foi interrompido por cerca de 20 minutos para as comemorações. Romário trocou de camisa por uma comemorativa e abraçou a mãe, levada ao gramado para celebrar com ele. O Vasco venceu por 3 a 1, e “O Baixinho” encerrou sua história no clube com 265 gols em 356 partidas.
Em 15 de abril de 2008, aos 42 anos, anunciou oficialmente sua aposentadoria. Mesmo assim, voltou a campo duas vezes: em 2009, para cumprir uma promessa feita ao pai, atuando 25 minutos como técnico-jogador do América-RJ, com o qual conquistou o título da Série B do Campeonato Carioca; e novamente em 2024, já aos 58 anos, em uma aparição simbólica pelo América, clube do qual foi nomeado presidente.
No total, as estatísticas oficiais creditam a Romário 687 gols em partidas por clubes — um número que, ainda hoje, mantém viva a aura de um dos maiores artilheiros de todos os tempos.