Apenas cinco meses após sua chegada à Arábia Saudita, surgiram relatos de que Duran poderia deixar o Al-Nassr por não ter se adaptado ao clube, apesar de ter marcado 12 gols em apenas 18 partidas. Apesar de ter recebido ofertas de seis clubes diferentes para retornar à Premier League, o centroavante mais uma vez escolheu a opção mais lucrativa e foi para a Turquia, onde se juntou ao Fenerbahçe, de José Mourinho, por empréstimo.
O gigante da Super Lig fez uma grande jogada para conseguir o jogador, com seu diretor esportivo indo até Medellín para conversas cara a cara na tentativa de convencer Duran a escolhê-los em vez de voltar para a Inglaterra, de acordo com o The Athletic. Enquanto isso, a proposta para o Al-Nassr era que ele poderia aumentar seu valor de mercado ao longo de uma temporada na Turquia, em vez de ser vendido por uma perda embaraçosa naquele verão.
Mais uma vez, porém, as coisas não saíram como planejado. Alegou-se que Mourinho ficou irritado porque o então jogador de 21 anos não compareceu ao primeiro dia de treinamento da pré-temporada, com citações atribuídas a ele na imprensa espanhola rotulando Duran de “desrespeitoso”. No entanto, o Fener negou que o técnico tivesse feito tal declaração, embora parecesse admitir que o jogador realmente havia chegado atrasado. Ainda não está claro se isso foi combinado previamente. “As declarações feitas pelo nosso técnico José Mourinho à imprensa estrangeira sobre o nosso jogador Jhon Duran são completamente falsas”, afirmaram. “O nosso técnico não fez nenhuma declaração sobre o assunto. O nosso jogador chegou a Portugal esta noite para se juntar ao nosso time no estágio no Algarve.”
Mourinho foi demitido apenas um mês após o início da nova temporada, após não conseguir garantir a qualificação para a Liga dos Campeões. Sua demissão coincidiu com um problema de inflamação óssea que afastou Duran dos gramados entre o final de agosto e o início de novembro, com o recém-eleito presidente do clube, Sadettin Saran, sendo forçado a negar rumores sensacionalistas de que o atacante estava fingindo uma lesão porque não queria jogar, irritado com a decisão de demitir o renomado técnico português. “Jhon Duran realmente está lesionado. Falei com seu médico na Espanha e analisei os resultados da ressonância magnética. Ele vai se juntar a nós dentro de algumas semanas”, disse Saran em uma coletiva de imprensa em outubro.
Quando estava disponível, Duran era muito menos prolífico, em meio a relatos de que estava novamente com problemas mentais, marcando apenas cinco gols em 21 partidas, enquanto sua atitude também era um problema. Independentemente dessas questões, esperava-se que ele terminasse a temporada em Istambul, mas no início de fevereiro ele encerrou repentinamente seu empréstimo ao Fenerbahçe e mergulhou ainda mais no esquecimento.