Como técnico efetivo, Marcão teve três mandatos. Em 2019, ele comandou o time por 71 dias, de setembro a dezembro, com 17 jogos, obtendo sete vitórias, seis empates e quatro derrotas. Esse período foi marcado por um esforço de evitar o rebaixamento e manter o time na Série A.
No final de 2020 e início de 2021, Marcão assumiu novamente a responsabilidade, dirigindo a equipe por 80 dias, com 14 jogos, conseguindo sete vitórias, quatro empates e três derrotas. Graças ao desempenho nesse período, o Fluminense conquistou a 5ª colocação do Brasileirão, garantindo uma vaga na Libertadores de 2021, quebrando um jejum de longos oito anos sem disputar a competição continental.
Em 2021, Marcão teve seu período mais longo como técnico efetivo, liderando o time por 109 dias e 25 jogos, com 11 vitórias, quatro empates e dez derrotas. Durante essa fase, ele conseguiu reverter uma situação complicada deixada por Roger Machado, levando o time da 15ª para a 7ª colocação no Campeonato Brasileiro e assegurando uma vaga na Pré-Libertadores.
Ao todo, Marcão esteve à frente do Fluminense como técnico efetivo em 56 jogos, conquistando 25 vitórias, 14 empates e 17 derrotas.
