O período mais celebrado da carreira de Edílson foi no Corinthians, onde jogou entre 1997 e 2000. Com a camisa alvinegra, o atacante se tornou ídolo da torcida e conquistou títulos importantes. Foi campeão do Campeonato Brasileiro em 1998 e 1999 e do Campeonato Paulista em 1999. O momento mais icônico, contudo, foi a conquista do Mundial de Clubes da FIFA em 2000, quando o Corinthians venceu o torneio disputado no Brasil. Edílson brilhou no Mundial, inclusive com gols decisivos, e foi eleito o melhor jogador competição.
Após o auge no Corinthians, Edílson vestiu diversas camisas no futebol brasileiro. Defendeu o Flamengo (onde conquistou o Campeonato Carioca e a Copa dos Campeões em 2001), o Cruzeiro (levando a Copa Sul-Minas em 2002), o Vitória (ganhando o Campeonato Baiano em 2004) e teve passagens por São Caetano e Vasco da Gama. Em 2010, já em uma fase mais avançada de sua carreira, retornou dos gramados para jogar pelo Bahia antes de pendurar as chuteiras.
Já em 2016, decidiu sair da aposentadoria novamente para jogar apenas dois jogos pelo Taboão da Serra e aí sim se despedir definitivamente dos gramados.
Além disso, Edílson ainda defendeu outra equipe no exterior, o Al Ain, dos Emirados Árabes Unidos, onde conquistou a UAE President’s Cup em 2004–05, e teve breves momentos atuando novamente no Japão.