Usai pensiun sebagai pemain pada 2014, Gabriel Heinze langsung terjun ke dunia kepelatihan. Ia memulai karier manajerial di kasta tertinggi Liga Argentina dengan menukangi Godoy Cruz, Argentinos Juniors, dan Velez Sarsfield. Pada 2021, Heinze sempat berkelana ke MLS bersama Atlanta United meski hanya bertahan selama enam bulan.
Terakhir, pria 47 tahun itu melatih klub masa kecilnya, Newell’s Old Boys, selama satu musim sebelum menerima tawaran dari Arsenal untuk bergabung sebagai asisten pelatih.