Nascido em Belo Horizonte, Clayton iniciou sua carreira profissional no Juventude em 2020. Passou por Guarany de Sobral, Globo FC e Vila Nova. Neste último, marcou dez gols em 36 jogos, sendo um desses tentos justamente sobre o Vasco, pela 36ª rodada da Série B de 2021. Em seguida, Clayton se transferiu por empréstimo ao Coritiba em 2022, onde teve presença breve, sendo transferido para o Casa Pia, de Portugal, no tempo em que o clube garantiu o acesso à primeira divisão da liga portuguesa.
Na equipe lusa, Clayton se consolidou. O atleta atuou em 63 partidas, na temporada 2022/23, marcando 16 gols e concedendo 2 assistências. Além disso, na atual temporada, Clayton Silva foi o artilheiro do Casa Pia, com oito gols, números que chamaram a atenção do Vasco.