Na primeira fase do campeonato, cada equipe disputará um total de 12 partidas, enfrentando exclusivamente times de grupos diferentes. Esse formato tem sido consistentemente adotado pela Federação Paulista de Futebol (FPF) nas últimas edições, impedindo confrontos entre times da mesma chave nesta etapa inicial.
Ao término das 12 rodadas, os dois primeiros colocados de cada grupo garantem vaga nas quartas de final. Com isso, pode ocorrer de um terceiro colocado em uma chave somar mais pontos que o segundo colocado de outro grupo e, ainda assim, ficar fora da fase seguinte. Além disso, os dois clubes com pior desempenho no geral serão rebaixados para a Série A2 estadual. Na edição atual, Velo Clube e Noroeste retornaram à primeira divisão após garantirem o acesso na temporada passada.
Nas quartas, os líderes de cada grupo disputam vaga em partida única, com a vantagem do mando de campo para quem teve melhor campanha, critério também aplicado nas semifinais. A decisão do título será em confrontos de ida e volta, com a partida final marcada para o dia 26 de março.
Para 2025, a entidade adotará o sistema "multiball" em todos os jogos, com o objetivo de agilizar a reposição da bola em campo. O método posicionará várias bolas em suportes especiais ao redor do gramado, como é feito na Premier League, da Inglaterra, reduzindo as interrupções quando a bola sai de jogo.