Kovac bắt đầu dẫn dắt Bayern Munich từ mùa giải 2018-19 và đã đảm nhiệm vai trò HLV của CLB trong một mùa rưỡi. Sau đó, ông làm HLV của AS Monaco trong hai năm trước khi quay trở lại Bundesliga để làm việc ở Wolfsburg.
Ở mùa giải hiện tại, Wolfsburg không thể hiện được phong độ tốt dưới sự dẫn dắt của vị chiến lược gia 52 tuổi. Sau một chuỗi 11 trận liên tiếp không thắng, Kovac cuối cùng đã bị sa thải vào tháng 3/2024.