Roger Flores começou no futebol profissional muito cedo, com apenas 17 anos, quando estreou pelo Fluminense em 1996. Logo se destacou e, em 1998, foi fundamental na conquista da Copa Rio, marcando dois gols na final. No ano seguinte, brilhou novamente no time que conquistou o Campeonato Brasileiro da Série C, sendo o autor dos dois gols que garantiram a vitória sobre o Náutico. Seu talento chamou a atenção de figuras importantes do futebol, como Carlos Alberto Parreira, que o apelidou de "Maradoninha" pela habilidade e visão de jogo.
Em 2001, após se firmar como ídolo no Fluminense, Roger foi vendido ao Benfica, de Portugal, em uma transferência significativa para ambos os clubes. Apesar de ter começado bem na Europa, uma lesão séria acabou interrompendo seu progresso. De volta ao Brasil em 2005, ele se juntou ao Corinthians, onde ajudou o time a conquistar o Campeonato Brasileiro. Sua passagem pelo clube teve momentos marcantes, como o pênalti perdido na Copa do Brasil e a premiação de melhor meia no Prêmio Craque do Brasileirão.
Em 2007, Roger voltou ao Flamengo, onde já havia jogado nas categorias de base, mas sua permanência foi breve por conta de questões financeiras. Logo depois, se transferiu para o Grêmio, onde se destacou no Campeonato Gaúcho e conquistou rapidamente a torcida. Seu bom desempenho o levou ao Qatar Sports Club, onde jogou por dois anos antes de retornar ao Brasil em 2010 para atuar no Cruzeiro. No clube mineiro, viveu momentos especiais, como a conquista do Campeonato Mineiro de 2011 e a histórica vitória por 6 a 1 sobre o Atlético Mineiro no Brasileirão.
Ao longo da carreira, Roger foi elogiado por sua técnica e inteligência em campo, mas também enfrentou desafios, como as lesões e as críticas durante sua trajetória no Fluminense, que renderam o apelido de "Chinelinho".
| CLUBE | ANOS |
|---|
| Flumiense | 1996-2000, 2001-2002, 2004 |
| Benfica | 2000-2005 |
| Corinthians | 2005-2008 |
| Flamengo | 2007 |
| Grêmio | 2008 |
| Qatar SC | 2008-2010 |
| Al Sailliya | 2009 |
| Cruzeiro | 2010-2012 |
| Seleção brasileira | 2000-2004 |