Setelah pensiun sebagai pemain, Bender meniti karier sebagai pelatih dan pernah bekerja, antara lain, di bidang pembinaan pemain muda DFB serta di SpVgg Unterhaching. Sejak Januari 2025, ia menjabat sebagai pelatih kepala di klub Liga Regional Wacker Burghausen. Musim yang baru saja berakhir ditutup oleh Wacker di peringkat kesembilan klasemen. Bender telah mengumumkan beberapa minggu lalu bahwa ia akan berhenti di Burghausen pada musim panas nanti.
Di FC Bayern, mereka menyambut baik kehadiran wajah baru di kampus. "Ia memiliki pengalaman yang sangat luas sebagai pemain dan telah bekerja sebagai pelatih baik di bidang pengembangan pemain muda maupun di tim senior," kata Michael Wiesinger, Kepala Bidang Olahraga dan Pengembangan Pemain Muda: "Selain itu, ia adalah orang yang sangat baik; sejak percakapan pertama dengan kami, kami sudah merasakan antusiasmenya terhadap tugas ini."