Kluivert memutuskan untuk pensiun dari kariernya sebagai pesepakbola pada 2008 silam dan langsung terjun ke dunia kepelatihan. Ia pertama kali bertugas sebagai pelatih penyerang di AZ Alkmaar dan bertahan hingga Desember 2009. Setelah itu, ia sempat menjadi asisten pelatih Brisbane Roar dan staf pelatih di NEC Nijmegen sebelum ditunjuk sebagai pelatih kepala FC Twente U-21 pada 2011. Dia memimpin tim muda Tukkers dalam 46 pertandingan, dengan catatan 25 kemenangan, delapan kali seri dan 13 kali kalah.
Setelah itu, ia dipercaya menjadi asisten pelatih Louis van Gaal di tim nasional Belanda, dan kemudian bertugas menjadi pelatih tim nasional Curacao pada 2015. Kariernya di Curacao tak bertahan lama, karena ia hanya bertugas selama sepuluh bulan dan cuma memimpin delapan pertandingan (tiga menang, dua seri, tiga kalah).
Kluivert kemudian sempat bekerja sebagai penasihat strategis (Curacao dan Paris Saint-Germain), asisten pelatih Clarence Seedorf di tim nasional Kamerun dan manajer akademi Barcelona. Curacao pada akhirnya kembali memanggil, menjadikannya sebagai caretaker pada 2021 dan melakoni enam laga (satu menang, dua seri, tiga kalah).
Terbaru, Kluivert menukangi klub Turki Adana Demirspor pada Juli sampai akhirnya dipecat lima bulan kemudian setelah 20 pertandingan dengan hasil delapan kemenangan, enam kali imbang dan enam kali kalah.