Berawal dari Yanmar Diesel (Japan) Soccer Club pada 1957 sebagai cikal bakal klub, nama Cerezo Osaka baru lahir dan diresmikan pada 1993 di Osaka.
Nama "Cerezo" diambil dari bahasa Spanyol yang berarti cherry blossoms alias bunga sakura, bunga nasional Jepang yang banyak ditemui di kota Osaka, tempat klub ini bermarkas.
Baru setahun setelah berganti nama, Cerezo Osaka langsung menjuarai JFL (Japan Football League) 1994 dan promosi ke J-League pada 1995. Di musim pertamanya ini, Cerezo mampu finis di urutan kedelapan klasemen.
Hiroaki Morishima – yang kini menjabat sebagai presiden Cerezo Osaka Co., Ltd. – ketika itu bermain gemilang sebagai striker lewat torehan 11 gol yang membuatnya masuk dalam daftar J-League Best Eleven.
Pada 1998, Morishima menjadi kapten klub dan mampu mengemas 18 gol, termasuk mencetak gol di tujuh pertandingan beruntun. Ia pun dipanggil timnas Jepang untuk berlaga di Piala Dunia 1998 yang digelar di Prancis.
Empat tahun berselang, dalam Piala Dunia yang digelar di Jepang dan Korea Selatan, Morishima kembali dipanggil timnas Jepang bersama rekan seklubnya, Akinori Nishizawa. Pemain Cerezo lain yang tampil di turnamen ini adalah gelandang Korsel Yoon Jong-hwan, yang kini melatih JEF United Chiba.
©J.LEAGUEDi Piala Dunia 2002, Morishima mampu mencetak sebiji gol krusial melawan Tunisia dalam laga yang digelar di kandang Cerezo Osaka, Nagai Stadium. Tak hanya bersinar di level klub, Morisihima juga menjadi sosok kunci di level timnas yang menginspirasi keloloasn Jepang ke babak 16 besar Piala Dunia.
Cerezo sempat terdegradasi ke divisi dua pada 2007 hingga 2009 sebelum promosi lagi pada 2010. Namun, di tengah penurunan tersebut, mereka mampu mengorbitkan Shinji Kagawa, yang bergabung dengan klub di usia 17 tahun. Kagawa, yang kini bermain di Yunani bersama PAOK, kemudian hengkang ke Borussia Dortmund pada paruh pertama musim 2010.
Meski ditinggal Kagawa, Cerezo masih memiliki Takashi Inui dan Hiroshi Kiyotake sehingga mampu menampilkan performa top pada 2010. Cerezo sempat memuncaki klasemen sebelum akhirnya finis di urutan ketiga, yang jadi peringkat terbaik mereka sejauh ini.
Finis di papan atas membuat Cerezo tampil di Liga Champions Asia 2011. Mereka lolos ke fase gugur setelah finis kedua, lalu di babak 16 besar bertemu dengan rival sekota Gamba Osaka dalam laga bertajuk derbi Osaka. Cerezo menang 1-0 atas Gamba dan lolos ke perempat-final, tapi mereka langsung takluk di tangan Jeonbuk Hyundai Motors.
Selain nama-nama yang sudah disebut di atas, ada banyak pemain Cerezo lain yang mampu mengharumkan Jepang di pentas sepakbola global, baik itu mereka yang mengawali karier profesionalnya di Cerezo Osaka atau yang berasal dari tim akademi.
Setelah Kagawa (Dortmund, Manchester United), Cerezo mengekspor banyak pemain kelas dunia seperti Takashi Inui (Eibar, Bochum, Real Betis), Hiroshi Kiyotake (Nurnberg, Hannover, Sevilla) dan tentu saja Takumi Minamino (Liverpool, Southampton). Minamino berasal dari tim akademi Cerezo dan mendapat banyak pujian dari klub-klub top Eropa.
Pada 2017, Cerezo sukses meraih double dengan menjuarai YBC Levain Cup dan Emperor’s Cup. Itulah dua gelar mayor pertama yang mereka raih sepanjang sejarah klub.
Setahun setelah kesuksesan itu, legenda klub Hiroaki Morishima ditunjuk menjadi presiden Cerezo Osaka Co., Ltd., membuatnya kian lekat dengan julukan "Mr. Cerezo". Jersey No.8 yang dikenakan Morishima, kemudian diwariskan kepada pemain yang dipandang sebagai sosok pilar tim, seperti Kagawa, Kiyotake, dan Yoichiro Kakitani.
Pada 2020, Cerezo finis keempat di J1 League dan juga lolos ke Liga Champions Asia lewat jalur play-off. Cerezo kemudian melaju ke fase grup ACL 2021 dan sukses memuncaki grup sehingga lolos ke fase gugur yang akan digelar pada September mendatang. Mereka berambisi untuk melaju sejauh mungkin, melampaui pencapaian terbaiknya sebagai perempat-finalis pada 2011.