Suudi Arabistan'a geldikten sadece beş ay sonra, Duran'ın Al-Nassr'da kendini evinde hissedemediği için ayrılabileceği haberleri çıktı, ancak o sadece 18 maçta 12 gol atmıştı. Altı farklı kulüp tarafından Premier Lig'e geri dönme şansı sunulmasına rağmen, santrfor bir kez daha en kazançlı seçeneği tercih ederek Türkiye'ye gidip Jose Mourinho'nun Fenerbahçe takımına kiralık olarak katıldı.
The Athletic'e göre, Süper Lig devi bu oyuncuyu kadrosuna katmak için büyük bir hamle yaptı ve sportif direktörü, Duran'ı İngiltere'ye dönmek yerine kendilerini seçmesi için ikna etmek amacıyla Medellin'e giderek yüz yüze görüşmeler yaptı. Bu arada, Al-Nassr'a yaptıkları teklif, o yaz utanç verici bir zararla satılmak yerine, Türkiye'de geçireceği bir sezon boyunca piyasa değerini yeniden yükseltebileceği yönündeydi.
Ancak bir kez daha işler planlandığı gibi gitmedi. Mourinho'nun, o zaman 21 yaşındaki oyuncunun sezon öncesi antrenmanlarının ilk gününe gelmemesinden rahatsız olduğu iddia edildi ve İspanyol basınına verdiği demeçlerde Duran'ı "saygısız" olarak nitelendirdiği öne sürüldü. Ancak Fenerbahçe, teknik direktörün böyle bir açıklama yapmadığını yalanladı, ancak oyuncunun gerçekten geç geldiğini kabul etti. Bunun önceden kararlaştırılmış olup olmadığı hala belirsiz. "Yabancı basında menajerimiz Jose Mourinho'nun oyuncumuz Jhon Duran hakkında yaptığı açıklamalar tamamen yanlıştır" dediler. "Menajerimiz bu konuda herhangi bir açıklama yapmamıştır. Oyuncu bu akşam Portekiz'e gelerek takımımızın Algarve kampına katıldı."
Mourinho, Şampiyonlar Ligi'ne katılma hakkı kazanamayınca yeni sezonun başlamasından sadece bir ay sonra görevinden alındı. Mourinho'nun görevden alınması, Duran'ın Ağustos sonu ile Kasım başında sahalardan uzak kalmasına neden olan kemik iltihabı sorunu ile aynı zamana denk geldi. Yeni seçilen kulüp başkanı Sadettin Saran, ünlü Portekizli teknik adamın görevden alınmasından rahatsız olan forvetin oynamak istemediği için sakatlığını uydurduğu yönündeki sansasyonel söylentileri yalanlamak zorunda kaldı. "Jhon Duran gerçekten sakat. İspanya'daki doktoruyla konuştum ve MR sonuçlarını inceledim. Birkaç hafta içinde takıma geri dönecek" dedi Saran, Ekim ayında düzenlediği basın toplantısında.
Oynayabildiği zamanlarda Duran, zihinsel olarak yine zorluklar yaşadığına dair haberler arasında çok daha az üretken oldu ve 21 maçta sadece 5 gol attı, ayrıca tavırları da sorun oluşturuyordu. Bu sorunlara rağmen, sezonun sonuna kadar İstanbul'da kalması bekleniyordu, ancak Şubat ayı başında Fenerbahçe'deki kiralık sözleşmesini aniden feshetti ve daha da belirsizliğe gömüldü.