Pepe saiu do Real Madrid da mesma forma que chegou: quase desapercebido, sem causar reações da torcida. Quando foi contratado, surpreendeu pelo valor investido: 30 milhões de euros em um zagueiro que nem tinha experiência no futebol espanhol. Agora foi para o Besiktas, após dez anos no Real, e mesmo assim não teve uma saída marcante.
No início Pepe gerou muito receio, porque vinha do Porto. Os zagueiros do futebol português não estão acostumados a serem muito exigidos, ao contrário da Espanha.
Mas Pepe ganhou a confiança dos técnicos e o carinho do Santiado Bernabéu. A torcida se identificou com suas boas atuações, complementadas com doses de garra e compromisso com o grupo, virtudes muito exaltadas pelos merengues.
Uma década depois, Pepe entrou em atrito com a diretoria e a comissão técnica. Fez críticas públicas, que atrapalharam a imagem dele em Madri. Desta, esqueceram que ele foi uma das melhores contratações defensivas deste século, atrás apenas de Sergio Ramos e Marcelo.