Em sua segunda temporada no time francês, Fred começou a temporada como titular e não decepcionou. Tanto no Campeonato Francês quanto na Liga dos Campeões da Europa, ele esteve sempre entre os artilheiros da competição. Ele chegou a ser o maior goleador da principal competição francesa.
No entanto, um estiramento na coxa direita deixou Fred três meses fora dos campos, o que atrapalhou a caminhada do atacante rumo à artilharia do Campeonato Francês.
Apesar do afastamento, o jogador voltou para os gramados com a pontaria em dia. Ele marcou mais alguns gols que levaram o Lyon ao título.
JOGOS PELO LYON (FRA) NA TEMPORADA 2006/07: 30
GOLS PELO LYON (FRA) NA TEMPORADA 2006/07: 14
Confira a lista de jogos de Fred pelo Lyon na temporada 2006/07:
CAMPEONATO FRANCÊS
04/08/2006 - Nantes 1 x 3 Lyon (1)
12/08/2006 - Lyon 1 x 1 Toulouse
20/08/2006 - Bordeaux 1 x 2 Lyon (1)
26/08/2006 - Nice 1 x 4 Lyon
09/09/2006 - Lyon 2 x 0 Troyes
16/09/2006 - Lorient 1 x 3 Lyon (1)
23/09/2006 - Lyon 4 x 1 Lille (2)
30/09/2006 - Sochaux 0 x 1 Lyon
22/10/2006 - Olympique Marseille 1 x 4 Lyon
13/01/2007 - Toulouse 2 x 0 Lyon
24/01/2007 - Lyon 1 x 2 Bordeaux (1)
27/01/2007 - Lyon 1 x 1 Nice
04/02/2007 - Troyes 1 x 0 Lyon
10/02/2007 - Lyon 1 x 0 Lorient (1)
16/02/2007 - Lille 1 x 2 Lyon (1)
03/03/2007 - Saint-Etienne 1 x 3 Lyon (1)
17/03/2007 - Nancy 0 x 3 Lyon (1)
05/05/2007 - Paris Saint-Germain 1 x 1 Lyon
09/04/2007 - Valenciennes 0 x 0 Lyon
28/04/2007 - Lyon 2 x 1 Le Mans (1)
COPA DA LIGA
07/01/2007 - Bayonne 1 x 2 Lyon
17/01/2007 - Lyon 1 x 0 Le Mans
31/03/2007 - Lyon 0 x 1 Bordeaux
CHAMPIONS LEAGUE
13/09/2006 - Lyon 2 x 0 Real Madrid (1)
26/09/2006 - Steaua Bucarest 0 x 3 Lyon (1)
17/10/2006 - FC Dynamo Kyiv 0 x 3 Lyon
21/02/2007 - Roma 0 x 0 Lyon
06/03/2007 - Lyon 0 x 2 Roma
COPA DA FRANÇA
20/01/2007 - Laon 1 x 3 Lyon (1)
31/01/2007 - Marseille 2 x 1 Lyon