Até a edição de 2023, os 10 clubes melhores colocados no ranking da CBF que não se classificassem para a Copa do Brasil através do estadual, ganhavam a vaga na competição nacional por sua posição no ranking.
A partir da edição de 2024, porém, isso mudou, e as equipes precisam garantir a vaga na Copa do Brasil através do Estadual, o que não foi o caso do Santos, que foi eliminado ainda na primeira fase do Paulistão de 2023.
No Paulistão, apenas as cinco equipes melhores colocadas se classificam para a Copa do Brasil, junto com o campeão da Copa Paulista. O Peixe terminou o Estadual na 11ª colocação. Com o Peixe não garantindo a sua vaga pelo estadual, a equipe precisaria se classificar para a Libertadores para disputar a Copa do Brasil de 2024, o que, matematicamente, já está certo que não acontecerá.
Além disso, existia a possibilidade da equipe conseguir vaga como o melhor clube que não disputará a Copa Libertadores da América do próximo ano. Porém, a equipe só pode chegar aos 46 pontos e não alcançaria o Athletico como esse time.