Em toda a história, o Flamengo enfrentou o Bayern apenas uma vez. Venceu por 3 a 1 e foi campeão do Torneio de Kuala Lumpur, em 1994, competição disputada na Malásia para comemorar a inauguração do Estádio Shah Alam. Rogério Lourenço, Marquinho e Sávio foram os autores dos gols rubro-negros.
Além do Bayern, o Flamengo já enfrentou outras cinco partidas contra times da Alemanha em sua história. O retrospecto total põe seis enfrentamentos, com três vitórias do Fla, um empate e duas derrotas.