Os duelos da terceira fase foram conhecidos em sorteio. Flamengo, Palmeiras, Internacional, Fluminense, Corinthians, Athletico, Atlético-MG, Fortaleza, Cruzeiro, Paysandu, Sport Recife e São Paulo se classificaram diretamente para esta fase.
De acordo com a tabela divulgada pela CBF, os jogos de ida da terceira fase começaram no dia 12 de abril. Já as partidas de volta foram realizadas entre os dias 25 e 27 de abril.
Os duelos da terceira fase:
- T1: Santos 3 x 0 Botafogo-SP (no agregado) - Santos classificado
- T2: América-MG 7 x 1 Nova Iguaçu (no agregado) - América-MG classificado
- T3: Coritiba 3 x 5 Sport (no agregado) - Sport classificado
- T4: Cruzeiro 2 x 1 Náutico (no agregado) - Cruzeiro classificado
- T5: Atlético-MG 3 x 2 Brasil de Pelotas (no agregado) - Atlético-MG classificado
- T6: Bahia 6 x 1 Volta Redonda (no agregado) - Bahia classificado
- T7: Botafogo 4 x 0 Ypiranga (no agregado) - Botafogo classificado
- T8: Grêmio 3 x 1 ABC (no agregado) - Grêmio classificado
- T9: Flamengo 8 x 4 Maringá (no agregado) - Flamengo classificado
- T10: São Paulo 1 x 0 Ituano (no agregado) - São Paulo classificado
- T11: Fluminense 6 x 0 Paysandu (no agregado) - Fluminense classificado
- T12: Corinthians 2 (5) x (4) 2 Remo (no agregado) - Corinthians classificado
- T13: Internacional 3 (7) x (6) 3 CSA (no agregado) - Internacional classificado
- T14: Fortaleza 8 x 1 Águia de Marabá (no agregado) - Fortaleza classificado
- T15: Athletico 2 (4) x (2) 2 CRB (no agregado) - Athletico-PR classificado
- T16: Palmeiras 5 x 3 Tombense (no agregado) - Palmeiras classificado