Tras su paso como futbolista con Pumas, Celtic FC, Zaragoza, América, Rayados de Monterrey, Vancouver Whitecaps y Valerenga de Noruega, Efraín Juárez inició su carrera como entrenador, en principio como asistente con el New York City FC de la MLS, para después seguir con su carrera en Bélgica y recibir su primera oportunidad en los banquillos con el Atlético Nacional de la Primera División de Colombia, donde ha sorprendido y ha posicionado al club en los primeros planos.
Como jugador, consiguió dos títulos de Copa Oro con la Selección mexicana, así como haberse coronado en el Mundial de Futbol Sub 17 del 2005 en Perú con Jesús Ramírez, competencia en la que cometió un error contra la Selección de Costa Rica en partido de los cuartos de final.