2016'da Borussia Dortmund'dan 23 milyon euro karşılığında Manchester City'e transfer olan İlkay Gündoğan, o dönemlerde Bayern Münih'e gitmeye çok yaklaştığını söyledi.
Süddeutsche Zeitung gazetesine konuşan İlkay, "Kaynaklarım da doğrulayacaktır, o yüzden rahatlıkla söyleyebilirim: Bayern Münih ile görüştüğümüz bir dönem oldu. Fakat farklı sebeplerden dolayı bir araya gelemedik. Manchester City'de çok mutluyum. Şu anda daha iyi olacağım başka bir kulüp veya teknik direktör yok bence" ifadelerini kullandı.
Almanya Milli Takımı taraftarları ile ilişkisi sorulduğunda başarılı futbolcu şu sözlere yer verdi: "Pek fazla önemsenmediğimi hissediyorum. Ama çok fazla maç kaçırdığım için bunu anlayabiliyorum. İnsanlar milli maçları takip ediyor ve ben sadece 2012 Avrupa Şampiyonası ile 2018 Dünya Kupası'nda 2 kez oynayabildim. İlk 11'de yalnızca 2 merkez orta sahaya yer var: Savunma kısmında Joshua Kimmich, hücum kısmında da Toni Kroos. Artık takıma daha fazla yardım edebilecek kapasiteye sahip olduğumu düşünüyorum."
Manchester City'e geldiği ilk sezonda, Aralık 2016'da yaşadığı sakatlık sebebiyle yaklaşık 9 ay sahalardan uzak kalan İlkay, 2017 Eylül'de takıma geri dönmüş ve 2018 ile 2019'da kazanılan şampiyonluklarda pay sahibi olmuştu.